第3回オントロジー研究会
開 催 主 旨
主査 京都大学化学研究所・五斗進
副査 産業技術総合研究所・福田賢一郎
ゲノムプロジェクトとそれに続くポストゲノムプロジェクトによって多種多様なデータが大量に得られるようになってきました。
これらのデータを収集し解析するために世界中で大小含め様々なデータベースが開発されています。
日本でも多くのデータベースが開発されており、これらを効率よく利用できる環境を構築することは重要です。
今回は、日本国内におけるデータベースの開発現状をデータベース作成者・データベース利用者の方々に集まってもらい
議論してもらおうと考え、オープンバイオ研究会と共催で研究会を開催します。
中規模から小規模レベルでデータベースを構築している研究者および、それらをプログラムからアクセスして
解析に用いている研究者に講演をお願いしました。データベース間の相互参照などの観点から作成者・
利用者からそれぞれ苦労している点、工夫している点、今後の方向性などを議論して頂く予定です。
プ ロ グ ラ ム
講演アブストラクトはこちら
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| 10:00〜10:15 |
はじめに |
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| 10:15〜10:45 |
EzCatDB: A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms
http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/
長野希美（産業総合技術研究所生命情報科学研究センター） |
| 10:45〜11:15 |
eF-site: electrostatic surface of Functional-site
http://ef-site.hgc.jp/
木下賢吾（東京大学医科学研究所） |
| 11:15〜11:45 |
DBTSS: Database of Transcriptional Start Site
http://dbtss.hgc.jp/
山下理宇（東京大学医科学研究所） |
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| 11:45〜13:00 |
昼食 |
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| 13:00〜13:30 |
ODB: Operon DataBase
http://odb.kuicr.kyoto-u.ac.jp/
奥田修二郎（京都大学化学研究所） |
| 13:30〜14:00 |
CellMontage
http://cellmontage.cbrc.jp/
藤淵航（産業総合技術研究所生命情報科学研究センター） |
| 14:00〜14:50 |
かずさDNA研究所におけるデータベース構築（仮）
中村保一（かずさDNA研究所） |
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| 14:50〜15:10 |
休憩 |
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| 15:10〜15:40 |
ActiveRecord によるバイオデータベースモデリング：UniProtとGO DatabaseとGFFの場合
中尾光輝（かずさDNA研究所・産業総合技術研究所生命情報科学研究センター） |
| 15:40〜16:10 |
E-Cell 3D：細胞シミュレーションの新しい見方
荒川和晴（慶応義塾大学先端生命科学研究所） |
| 16:10〜16:40 |
Flash (Flex) を利用した初級バイオインフォツール
坂庭真悟（bioFlash.org） |
| 16:40〜17:10 |
文献情報使いますか？
山本泰智（東京大学大学院新領域創成科学研究科） |
| 17:10〜17:40 |
サービスオントロジー構築の取り組み（仮）
阿部貴志（国立遺伝学研究所） |
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| 17:40〜18:00 |
総合討論 |
オントロジー研究会
日本バイオインフォマティクス学会
