システムバイオロジー・バイオシミュレーション合同研究会のお知らせ

（理化学研究所横浜研究所交流棟ホール: http://www.gsc.riken.go.jp/j/mapJ.html、平成16年5月10日）

システム生物学におけるシミュレーション：巨視的・微視的アプローチ

システム生物学には、主として２つの方法論がある。分子生物学からのアプローチとポストゲノムからのアプローチである。DNAの二重らせん構造の発見から、生物学が遺伝子の学問となり、個々の遺伝子機能を精密に解析する分子生物学が誕生した。一方、遺伝子解析技術の急速な進歩によって、遺伝子の総体であるゲノム学が発展し、ポストゲノム時代を迎えた。微視的解析を得意とする分子生物学とは反対に、膨大な遺伝子情報やその関連情報を扱うポストゲノム科学は、細胞全体を理解するために、統計的な手法等を用いる巨視的解析である。分子生物学からのアプローチは個々の分子からのボトムアップであるので、精緻なシミュレーションや実験解析を要求するが、ポストゲノムでは、個々の情報の精度よりも、巨視的・概略的な生命像を提示することが重視される。両者ともにコンピュータシミュレーションの技術が鍵となる。システム生物学は両者のアプローチをどのように活用して、発展していくのがよいであろうか。今回は、シミュレーションの観点から、分子生物学からのアプローチとポストゲノムからのアプローチの両者の理解を深めるような研究会とする。

スケジュール

1. アナウンス　(1:00-1:10)

2．招待講演(1:10−3:00)

シアノバクテリアの概日システム　(1:10-2:00)

名古屋大学大学院理科学研究科・生命理学科・近藤孝男

 

動的で複雑な生命現象のシステムバイオロジー　　(2:00−2:50)

理化学研究所・神戸研究所・発生・再生科学総合研究センター・

システムバイオロジー研究チーム　上田泰己

 

休憩 (2:50–3:00)

 

3.一般講演 3:00-5:40

 

ハイブリッド関数ペトリネットによるマウス時計遺伝子機構のモデル化と変異体のシミュレーション (3:00-3:20)

沖津康樹(1)、 藤井靖(1)、相川貴志 (1)、 松野浩嗣 (1)、井上愼一 (1)、宮野悟 (2)

1山口大学理学部、2 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

 

PP2Aの動的変化を考慮した海馬LTPのシグナル伝達シミュレーション ( 3:20-3:40)

菊地進一(1)、 藤本顕二(1)、 渕側太郎(1)、 安部路子(1)、 岡浩太郎(1、2)、 竹居光太郎(1、3)、冨田勝(1)

1慶応義塾大学先端生命研究所、 2 慶応義塾大学理工学部、 3 横浜市立大学医学部

 

シグナル伝達系パスウエイの分子生物学実験結果に基づくモデル化 ( 3:40-4:00)

山田訓(1)、 久保允人(2)、 吉村昭彦(3)

1三菱電機、 2理化学研究所 、 3九州大学

ノイズの含まれる時系列データからの遺伝子ネットワークの同定 ( 4:00-4:20)

木村周平 理化学研究所

確率ネットワーク解析による揺らぎの機能の分離 (4:20-4:40)

小林徹也　合原一幸  東京大学

分子レベルの確率的反応拡散シミュレーション方法の開発とMAPKカスケードモデルへの適用 (4:40-5:00)

我妻竜三(1) 、 山口佳樹(1)、 山本知幸(2) 、 小長谷明彦(1)

１理化学研究所ゲノム科学総合研究センター、 2 北陸先端科技院大知識科学

静的/動的ハイブリッドシミュレーションアルゴリズムを用いた大腸菌主要代謝経路のモデリング ( 5:00-5:20)

井上紀彦、石井伸佳、戸谷吉博、落海雅仁、 中山洋一、冨田勝

慶応義塾大学先端生命科学研究所

ニューラルネットワークによるキャピラリー電気泳動・質量分析装置で計測された陽イオン性代謝物質の同定手法の開発 ( 5:20-5:40)

杉本昌弘(1、2)、 菊地進一(1)、 有田正規(1、3)、 曽我朋義(1)、 冨田勝(1)

1慶応義塾大学先端生命研究所、2三菱スペースソフトウエア株式会社関西事業部、3東京大学大学院新領域創成科学研究科

4．ディスカッション (5:40−6:00)

参加の方法：事前登録の必要はありません。

参加費  学生1000円、社会人 2000円

ただし個人会員は無料、賛助会員企業は1口につき1名無料

場所：理化学研究所横浜研究所交流棟ホール: http://www.gsc.riken.go.jp/j/mapJ.html

日時：5月10日　午後1：00-6：00

世話人　

バイオシミュレーション研究会　冨田勝　北野宏明　

システムバイオロジー研究会　松野浩嗣　倉田博之

問い合わせ：日本バイオインフォマティクス学会システムバイオロジー研究会副査　倉田博之

九州工業大学情報工学部生命情報工学科

飯塚市川津680-4

TEL．0948-29-7828

FAX　0948-29-7828

E-mail:　kurata@bio.kyutech.ac.jp