分子生物学データ ベース |
文献DB(PubMed)、ゲノムDB、核酸配列DB、アミノ酸DB、モチーフDB(モチーフライブラリー)、立体構造DB、代謝パスウェイDB、多型DB、発現DB、アノテーション、遺伝子オントロジー(Gene ontology) |
| 配列解析 |
アライメント(動的計画法(dynamic programming)、スコアテーブル、ギャップペナルティ、ローカルアライメント、グローバルアライメント、Smith-Waterman法、ペアワイズアライメント、マルチプルアライメント、累進法(ツリーベース法)、ClustalW、HMM(隠れマルコフモデル))、相同性検索(FASTA、ハッシング、BLAST、有限オートマトン、PSI-BLAST、位置特異的スコア行列(PSSM)、プロファイル比較)、モチーフ解析(正規表現、重み行列)、分子系統解析(オーソログ、パラログ、距離行列法、UPGMA、近隣結合法(N-J法)、最節約法、最尤法、同義置換、非同義置換)、タンパク質機能予測(膜貫通部位予測、細胞内局在部位予測)、RNA二次構造予測 |
タンパク質立体構 造解析 |
立体構造表現(コンタクトマップ、ラマチャンドランマップ)、構造比較(重ね合わせ、RMSD、構造アライメント、構造モチーフ、構造分類)、タンパク質二次構造予測、立体構造予測(ホモロジーモデリング、フォールド認識、スレッディング、3D-1D法) |
| ゲノム解析 |
遺伝子発見(ORF(open reading frame)、スプライシング解析、プロモータ解析、偽遺伝子)、ゲノム特徴抽出(繰り返し配列発見、転写因子、SSR(simple sequence repeat)、GC含量、コドン使用頻度)、ゲノム比較(ゲノムアライメント、編集距離、系統プロファイル法、ロゼッタストーン法、遺伝子並び順の保存、遺伝子の水平伝搬、多型マーカー(SNP、マイクロサテライト、VNTR、RFLP、HLAタイプ) |
トランスクリプト ーム解析・プロテ オーム解析 |
遺伝子発現クラスタリング、遺伝子ネットワーク推定(ブーリアンネットワーク、ベイジアンネットワーク)、タンパク質相互作用解析 |
パスウェイ解析・ システム生物学 |
ネットワーク解析(スケールフリー、ハブ、ネットワークモチーフ)、動的シミュレーションとシステム解析(微分方程式、ロバストネス、フィードバック、フィードフォワード、感度解析、安全性解析、代謝流束解析) |