オントロジー研究会

♠主査 五斗進(京都大学化学研究所)
♠副査 福田賢一郎(産業技術総合研究所)

ゲノムプロジェクトとそれに続くポストゲノムプロジェクトにおいて多種多様なデータが大量に得られるようになってきた。また、文献や教科書にはゲノムワイド・ハイスループットデータに限らず豊富な知識が蓄えられている。そこには、ゲノムから得られる遺伝子の情報だけでなく、低分子化合物、糖鎖、脂質などの生体内外の物質や生物種、組織、病気に関する情報も含まれている。生命をシステム的に理解し、その成果を創薬や環境問題に応用するためには、これらの膨大な知識を統合し、そこから新たな知識を発見する必要がある。 様々なプロジェクトから得られる膨大な知識を統合したり、プロジェクト間のデータ交換を容易にするためには、遺伝子や化合物などの分子の名前から組織や生物種の名前まで用語の統一を進める必要がある。また用語と意味との関係を明示的に表現し計算機で扱えるようにするための階層的な分類の枠組みも必要であろう。そのような必要性からバイオインフォマティクスにおいてもオントロジー研究の重要性が近年認識されつつある。さらに、その成果を用いたデータベースの統合・統合されたデータベースからの知識発見、文献からの知識抽出といった研究も進められている。 日本発のデータベースも数多く存在する中で、これらを有効に組み合わせて開発するための枠組みを構築することは日本のバイオインフォマティクス研究にとって有効であると考えられる。そこで、本研究会では大規模情報からの知識ベースの構築、それに続く知識発見、そのためのオントロジー構築に関する研究を主な対象として、以下のような活動を行なう。

  1. 遺伝子やタンパク質のみならず、低分子化合物、糖鎖、脂質などの生体内外の物質、物質間の相互作用、生物種、組織、病気に関する多種多様なデータにおけるオントロジー構築に関する研究。
  2. 文献や教科書からの情報抽出に関する研究。
  3. データベースの統合および知識発見に関する研究。
  4. 上記を総合的に議論して、日本からのオントロジー発信を行なうための討論の場。

本研究会は、閉会しました。
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