ワークショップ

発表者へのご案内
・セッション開始10分前までにご自身のパソコンをもって会場にお越しください。
・担当者が接続確認を行います。
・座長の指示にしたがい、時間厳守でお願いいたします。
座長へのご案内
・セッションの進行と時間管理は座長に一任致します。終了予定時刻超過にご注意願います。
・座長は行動規範に違反する行為に対し注意・警告する権利を持ちます。

ワークショップ詳細

WS1 環境微生物学フロンティア （9月13日(火) 13:20-14:50, 会場：ライフホール）

オーガナイザー
松井 求（東京大学大学院新領域創成科学研究科）
要旨
シーケンス技術の飛躍的な発展は、微生物ダークマターの解明を着実に後押しするなど、環境微生物学に大きく寄与してきた。一方で、未培養微生物や機能未知遺伝子が存在することによる生態系のブラックボックスは未だに解消されていない。本ワークショップでは新進気鋭の若手研究者を招き、群衆の不均一性や多様性の解明、機能未知遺伝子の機能推定、などといった難題の解決に資する新たな研究アプローチについて議論する。
  1. 西村祐貴（東京大学 大学院新領域創成科学研究科）
    「ファージ防衛機構を欠く細菌の代替戦略を対偶遺伝学で探る」
    Investigation of alternative strategies in bacteria lacking phage defense system by using contrapositive genetics
  2. 一色理乃（早稲田大学 先進理工学部生命医科学科）
    「表現型の不均一性の観点から解き明かす難培養微生物の増殖戦略」
    Phenotypic heterogeneity reveals growth strategies of poorly culturable bacteria
  3. 福永津嵩（早稲田大学 高等研究所）
    「高性能系統プロファイル法による機能未知遺伝子の機能推定」
    Function estimation of function unknown genes using advanced phylogenetic profiling method
  4. 明石基洋（成蹊大学 理工学部）
    「輪作圃場の時系列ショットガンメタゲノム解析が明らかにした作物-土壌-微生物連関」
    Time-series shotgun metagenomics revealed the plant-soil-microbiome feedbacks in the crop rotation field

WS2 医療・創薬のためのデータベース（9月13日(火) 15:00-16:30, 会場：ライフホール）
Databases for Medical and Pharmaceutical Sciences

オーガナイザー
阿久津 達也（NPOバイオインフォマティクス・ジャパン、京都大学）
要旨
医療・創薬はバイオインフォマティクスの重要な応用分野であり、その研究・開発のためには、基盤となるデータベースが必要である。しかし、その多くは海外に依存しており、国内でも開発を進める必要がある、そこで本セッションでは、医療・創薬に関連して広く利用される可能性のあるデータベースを開発している方々に講演していただく。なお、本セッションNPOバイオインフォマティクス・ジャパンが提供予定である。
  1. 奥田 修二郎（新潟大学医学部メディカルAIセンター）
    「精密医療に向けたプロテオームデータベースの対応」
    Proteome database toward realizing precision medicine
  2. 鎌田 真由美（京都大学大学院医学研究科）
    「日本人疾患ゲノム情報統合データベース MGeND」
    MGeND: Integrated database of clinical and genomic information to encourage precision medicine in Japan
  3. 五斗 進（ライフサイエンス統合データベースセンター）
    「データベース統合による医療・創薬関連情報の活用」
    Interoperability of medical and pharmaceutical information by database integration
  4. 奥 牧人（富山大学）
    「和漢医薬学総合研究所の漢方関連データベースの紹介」
    Introduction of Kampo-related databases of Institute of Natural Medicine

WS3 ワークフロー言語による実践的データ解析（9月13日(火) 15:00-16:30, 会場：サイエンスホール）

オーガナイザー
志波 優 (東京農大)、鈴木 治夫 (慶応義塾大)
要旨
生命科学分野において普及が進み、データ解析の再利用性・再現性を高めるワークフローシステムの実践的な事例紹介を行う。ブラウザベースのGUIを持つGalaxy、ライブラリの充実したNextflow、多様なエンジンを利用できるCWLなどの異なるシステムを用いて、同じ内容のデータ解析を実演する。これらのシステムを比較することで、それぞれの特徴を見出し、ワークフローシステム導入のきっかけを提供したい。
  1. 鈴木治夫（慶応義塾大）
    「ワークフローによる再現性のある研究」
    Workflow for reproducible bioinformatics research
  2. 志波優（東京農大）
    「Galaxyによる解析実演」
    Demonstration of Galaxy workflow
  3. 芳村美佳（理研）
    「Nextflowによる解析実演」
    Demonstration of Nextflow workflow
  4. 大田達郎（ライフサイエンス統合データベースセンター）
    「CWLによる解析実演」
    Demonstration of CWL workflow
  5. 末竹裕貴（東京大）
    「Workflow Execution Service による解析実演」
    Demonstration of Workflow Execution Service

WS4 医療から環境まで広がる糖鎖の世界へ（9月14日(水) 10:30-12:00, 会場：サイエンスホール）

オーガナイザー
細田 正恵（創価大学糖鎖生命システム融合研究所）
要旨
ゲノムやプロテオームの研究では解明できない分野の代表に糖鎖科学があげられる。糖鎖ががんの病態に関わり、糖鎖発現の変動を指標として腫瘍マーカーが臨床現場で使われている。一方、環境微生物が多様な糖鎖を利用していることも知られている。近年、糖鎖関連のオミクスデータの統合化や、微生物糖鎖のデータベースが構築されている。本ワークショップで、最近の糖鎖関連医学、環境微生物学およびデータベースについて紹介する。
  1. 原田　陽一郎（大阪国際がんセンター研究所　糖鎖オンコロジー部）
    「がんと糖鎖：1細胞ごとのゲノム不安定性に基づいたがんの代謝治療標的の探索・同定」
    Exploring the metabolic targets for cancer therapy based on genome instability at single-cell resolution
  2. 瀧原　速仁（新潟大学大学院　医歯学総合研究科　バイオインフォーマティクス分野）
    「環境メタゲノムからマイクロバイオーム由来の糖鎖関連遺伝子を探索する」
    Investigating microbiome-derived glycan-related genes from environmental metagenomes
  3. 荒川　康一（創価大学大学院　理工学研究科　生命理学専攻）
    「糖鎖合成シミュレーションツールGlycoSimの開発」
    Development of GlycoSim: a tool for simulating glycosylation
  4. 木下　聖子（創価大学糖鎖生命システム融合研究所）
    「ライフサイエンスに貢献するための糖鎖関連オミクスデータの統合」
    Integrating omics data around glycans to contribute to the life sciences

WS5 クリニカルデータサイエンスの可能性（9月14日(水) 15:00-16:30, 会場：ライフホール）

オーガナイザー
奥田 修二郎（新潟大学）、重水 大智（国立長寿医療研究センター）
要旨
臨床サンプルを用いてゲノムなどのオミクス解析を実施する研究者が増えてきており、医学におけるインフォマティクスの重要性が増している。さらにカルテや画像等の臨床情報も研究に応用され、臨床的視点からのデータ駆動型研究が推進されている。本セッションでは、臨床のデータ解析で活躍している研究者の最新の知見、今後の展望と可能性を議論する。本セッションをきっかけに若手研究者の新規参入を期待する。
  1. 凌一葦（新潟大学医学部メディカルAIセンター）
    「精密医療実現に向けたオミクス解析の利活用」
    Utilization of omics data analysis to realizing precision medicine
  2. 岩崎未央（京都大学iPS細胞研究所）
    「健常および疾患由来iPS細胞を用いたRNAとタンパク質のマルチオミクス解析」
    Multi-omics analysis of RNA and proteins using healthy and patient-derived iPS cells
  3. 藤本明洋（東京大学医学系研究科人類遺伝学分野）
    「長鎖シークエンス技術を用いたゲノム、転写産物解析」
    Whole genome and transcriptome sequencing using long-read sequencing technology
  4. 重水大智（国立長寿医療研究センターメディカルゲノムセンター）
    「全ゲノム解析による認知症関連レアバリアント解析」
    Identification of rare variants associated with dementia through whole genome sequencing

WS6 大規模NGSデータを基盤としたゲノム解析（9月14日(水) 13:20-14:50, 会場：サイエンスホール）

オーガナイザー
中戸 隆一郎（東京大学・定量生命科学研究所）
要旨
次世代シーケンサ（NGS）を用いたゲノムデータが急速に蓄積していく中で、それらの大規模NGSデータからいかに有用な生命情報を抽出するかに注目が集まっています。本セッションでは生命科学・情報学分野で実際に大規模データ解析に取り組む現場の先生方をお招きし、データ分析研究のさまざまな実例や新規開発手法についてご講演いただきます。
  1. 伊藤　薫（理化学研究所）
    「大規模バイオバンクを用いたヒト循環器疾患ゲノム解析の最前線」
    Frontiers of Cardiovascular Genomic Analysis Leveraging Large Biobanks
  2. 小田　健昭（東京大学）
    「1細胞解析を用いたCOVID-19の予後予測」
    Prediction of COVID-19 prognosis using single cell analysis
  3. イ　ソヒョン（東京大学）
    「IHECプロジェクト: 大規模ヒトエピゲノムデータベースの構築と統合解析」
    IHEC project: collection and characterization of human epigenome data
  4. 工樂　樹洋（国立遺伝学研究所・理研BDR）
    「我々の祖先と海洋環境のいまを映す生命情報学―水族館との連携と非日本型コアラボ構築が生んだサメゲノム研究」
    Informatic Life Sciences about Marine Ecology and Evolution- Shark Genomics Enabled by Collaborating with Aquariums and Building Technical Platforms
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