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PO-001
Reinforcement Learning with Masked Language Model for CAR-T Cell Therapy Application
マスク言語モデルを用いた強化学習法の開発とCAR-T細胞療法への応用
田中 優次1, 高瀬 諒一1, 刑部 好弘1, 井島 大弥1, 淺原 彰規1, 久田 昇二1, 吉田 啓1 (1株式会社 日立製作所)
PO-002
Mix-Geneformer : Unified Representation Learning for Human and Mouse scRNA-seq Data
Mix-Geneformer : ヒト・マウスscRNA-seqの統一表現学習モデル
西尾 優希1, 山下 隆義1, 伊藤 啓太1, 平川 翼1, 藤吉 弘宣1 (1中部大学)
PO-003
Enhancing CAR-T cell activity prediction via fine-tuning protein language models with generated CAR sequences
生成CAR配列を用いたタンパク質言語モデルのファインチューニングによるCAR-T細胞機能予測性能の向上
吉田 啓1, 久田 昇二1, 高瀬 諒一1, 大熊 敦史1, 石田 義人1, 川良 毅人1, 山下 拓也1, 伊藤 大介1, 奥田 智彦1, 半澤 宏子1, 武田 志津1 (1株式会社日立製作所)
PO-004
Zero-Shot Extraction of Experimental Protocols from Scientific Papers Using Large Language Models
大規模言語モデルを用いた科学論文からの実験プロトコルのゼロショット抽出
茅原 涼平1, 小池 航平1, 星野 匡裕1, 駒澤 有里1, 小松 直人1 (1株式会社メビウス)
PO-005
Machine Learning-Based Prediction of Optimal Chaperones for Protein Solubility in Cell-Free Expression Systems
無細胞発現系におけるタンパク質可溶化のための最適シャペロン予測モデルの構築
安藤 仁務1, 倉田 博之2, 前田 和勲1 (1九州工業大学情報工学部生命化学情報工学科前田研究室, 2九州工業大学情報工学部生命化学情報工学科倉田研究室)
PO-006
Deep-Learning-Based Generation of Protein-Binding RNA Sequences
深層学習を用いたタンパク質に結合するRNA配列の設計
石井 歩佳1, 秋山 真那斗2, 榊原 康文2 (1慶應義塾大学, 2北里大学)
PO-007
Generation of Mutant Amino Acid Sequences for Highly Functional Proteins with a Variational Autoencoder Trained on Sequence-Function Relationships
配列-機能関係を学習したVariational Autoencoderによる高機能変異タンパク質アミノ酸配列の生成
井島 大弥1, 刑部 好弘1, 高瀬 諒一1, 小山 光1, 淺原 彰規1 (1株式会社日立製作所)
PO-008
Developing Embedding Models for Cytochrome P450–Ligand Interaction Scoring
シトクロムP450とリガンドの相互作用スコアリングのための埋め込みモデルの開発
MAR TIN1, Takigawa Ichigaku1 (1WPI-ICReDD, Hokkaido University)
PO-009
Data-Driven Drug Discovery Using Graph Neural Networks: A Multimodal Approach to COVID-19 Therapeutic Candidates
Graph Neural Networkを活用したデータドリブン創薬：多層的アプローチによるCOVID-19治療薬候補の探索
中山 裕介1, 辻 真吾2, 細見 光一3, 山本 紅司4, 加藤 珠蘭1 (1株式会社ジェクスヴァル, 2東京大学先端科学技術研究センター, 3近畿大学薬学部, 4独立研究者)
PO-010
Development of a Machine Learning–Based Platform for Predicting Developmental Toxicity Using Human iPSC Transcriptomics
iPS細胞を用いた環境化学物質の発達毒性評価向け機械学習最適化
曽根 秀子1, 本元 恒越1, 橋爪 美萌1, 齋藤 彩斗2, 玉田 嘉紀3, 加藤 毅2 (1横浜薬科大学, 2群馬大学, 3弘前大学)
PO-011
A multi-step deep learning-based framework for accurate prediction of multi-drug anticancer efficacy
抗がん剤の多剤併用効果予測のための多段階深層学習フレームワーク
大田 航平1,2, 古賀 大介5, 麻生 啓文3,4, 清水 秀幸1,2 (1東京科学大学大学院 医歯学総合研究科, 2東京科学大学 総合研究院 M＆Dデータ科学センター AIシステム医科学分野, 3東京科学大学 総合研究院, 4カロリンスカ研究所 医学部, 5佐賀大学医学部附属病医院 医療研修センター )
PO-012
The development of a host prediction model for coronavirus using DNABERT-based AI
DNABERTベースAIによるコロナウイルスの宿主予測モデルの開発
山本 昌仁1, 塩生 真史1, 岩﨑 祐貴1 (1長浜バイオ大学大学院バイオサイエンス研究科)
PO-013
Domain-Adaptive Graph Autoencoding for Cross-Tissue Bulk Transcriptome Deconvolution
ドメイン適応型グラフオートエンコーダを用いた組織横断デコンボリューション
東 一織1, 水野 忠快1, 楠原 洋之1 (1東京大学大学院薬学系研究科)
PO-014
Design of localization control sequences based on prediction of subcellular localization of RNA using deep learning
深層学習によるRNAの細胞内局在予測に基づく局在制御配列の設計
中花田 知里1, 榊原 康文2, 秋山 真那斗2 (1慶應義塾大学大学院, 2北里大学)
PO-015
Evaluation and Applicability of Large-scale Vision-Language Models in the Japanese National Examination for Clinical Laboratory Technicians
臨床検査技師国家試験における大規模言語モデルの性能評価と応用可能性の検討
村上 航汰1, 尾崎 遼1,2, 松澤 亮輔1, 田原-新井 悠也1 (1筑波大学, 2理化学研究所)
PO-016
Decoding scFv–Antigen Interactions Using Language Models
言語モデルによるscFv-抗原相互作用の解読
藤原 嵩士1, 清水 秀幸1 (1東京科学大学)
PO-017
Automating scRNA‑seq data analysis with MCP servers and LLM agents
MCPサーバーとLLMエージェントを活用したscRNA-seqデータ解析の自動化
早川 慶紀1, 尾崎 遼1,2 (1筑波大学, 2理研)
PO-018
MOGEDN: Few-Shot Multi-Omics Disease-Subtype Classification via a Graph Convolutional Encoder–Decoder for Missing-View Recovery and Biomarker Discovery
MOGEDN：欠損ビュー補完とバイオマーカー同定のためのグラフ畳み込みエンコーダ・デコーダによる少数ショット多層オミックス疾患サブタイプ分類
JIN Dingnan3, 齋藤 裕1,2,3 (1School of Frontier Engineering, Kitasato University, 2National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 3Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo)
PO-019 / HT-202
Data-efficient protein mutational effect prediction with weak supervision by molecular simulation and protein language models
分子シミュレーションとタンパク質言語モデルによる弱教師あり学習を用いたデータ効率的なタンパク質変異効果予測
出口 鉄平1,2, 来見田 遥一3, 飯田 慎仁3, 小林 海渡2, 齋藤 裕1,2,3 (1東京大学, 2産業技術総合研究所, 3北里大学)
PO-020
Machine learning-guided discovery and validation of translation-enhancing peptides in Escherichia coli
機械学習と実験によるタンパク質の翻訳促進配列の探索と検証
本野 千恵1,2, 横山 源太朗1,3, 中野 秀雄4, 浜田 道昭1,3, 加藤 晃代4 (1産総研 細胞分子工学, 2産総研 セルフケア実装研究センター, 3早大 理工学術院, 4名大院 生命農学研究科)
PO-021
Anomaly Detection in C. elegans embryos using Progressive Learning of Memory-Augmented Autoencoders
メモリモジュール付き自己符号化器の漸進学習による線虫胚の異常検知
田中 省吾1, 遠里 由佳子1 (1立命館大学)
PO-022
Robust Segmentation of C. elegans DIC Images Using Deep Learning under Varying Imaging Conditions
撮影条件のばらつきに頑健な深層学習による線虫DIC画像のセグメンテーション
壬生 大和1, 遠里 由佳子1 (1立命館大学)
PO-023
Improvement of RNA Secondary Structure Prediction Models Utilizing Chemical Mapping Data
ケミカルマッピングデータを活用したRNA二次構造予測モデルの精度向上
山内 凜太郎1 (1東京科学大学)
PO-024
Benchmarking Deep Learning Approaches for Predicting Protein-Ligand Interactions to Identify Therapeutic Inhibitors of AKR1B10
AKR1B10阻害剤開発に向けたタンパク質―基質相互作用予測法の性能評価
河野 真也1,2, 五十里 彰1, 遠藤 智史3,4, 富井 健太郎2 (1岐阜薬科大学・生化学, 2産業技術総合研究所 (AIST)・人工知能研究センター, 3岐阜大学大学院連合創薬医療情報研究科, 4岐阜大学・COMIT)
PO-025
RNAMergeDistill: Multi-Teacher Knowledge Distillation for RNA Language Model
RNAMergeDistill: 多教師知識蒸留によるRNA言語モデルの開発
橋本 和磨1, 山田 啓介2, 浜田 道昭1,3,4 (1早稲田大学, 2ペンシルベニア大学, 3産業技術総合研究所, 4日本医科大学)
PO-026
Few-Shot ADMET Prediction with a Meta-Learning Framework
メタラーニングを用いた少数データ環境下でのADMET予測フレームワークの構築
鈴岡 拓也1,2, 清水 秀幸1,2 (1東京科学大学大学院医歯学総合研究科, 2東京科学大学総合研究院M&Dデータ科学センターAIシステム医科学分野)
PO-027
RaptGFN: RNA Aptamer Sequence Design with GFlowNets
GFlowNets: GFlowNetsを用いたRNAアプタマー配列の設計
松本 英倫1, 浜田 道昭1,2,3 (1早稲田大学, 2産業総合研究所, 3日本医科大学)
PO-028
An LLM-Based Method for Translating Natural Language into Knowledge Graph Queries
LLM による自然言語からの知識グラフクエリ翻訳
永積 輝1, 守屋 勇樹2, 川島 秀一2, 片山 俊明2, 清水 佳奈1 (1早稲田大学, 2ライフサイエンス統合データベースセンター)
PO-029
Development progress of Gl-idea, a system that automatically extracts sugar chain information from sugar chain images
糖鎖画像から糖鎖情報を自動的に抽出するシステムGL-ideaの開発進捗
塚田 伸樹1 (1創価大学)
PO-030
Overcoming data scarcity of computational pathology in preclinical drug discovery: a case study for skin pharmacological evaluation assay
少数データによる非臨床病理画像モデルの学習: 皮膚組織薬理評価アッセイデータにおけるケーススタディ
吉開 泰裕1, 齊藤 隆太2, 氏家 謙2, 山中 龍2, 三由 文彦2, 楠原 洋之1, 水野 忠快1 (1東京大学大学院薬学系研究科, 2田辺三菱製薬 創薬本部 創薬基盤研究所 バイオインフォマティクスグループ)
PO-031
Development of a controllable model for the generation of novel target RNA sequences for RNA-binding proteins using Prefix-tuning.
Prefix-tuningを用いたRNA結合タンパク質の新規標的RNA配列生成のための制御可能なモデルの開発
横山 源太朗1,2, 角 俊輔3,4, 小野口 真広1, 浜田 道昭1,2 (1早稲田大学, 2産総研細胞分子工学研究部門, 3東京大学, 4京都大学)
PO-032
Large generative foundation mRNA language modeling for mRNA design
mRNA設計のための大規模生成型基盤mRNA言語モデルの開発
邊 遍3, Zhang Yiming1, 浅井 潔1, 齋藤 裕1,2,3 (1東京大学, 2産業技術総合研究所, 3北里大学)
PO-033
Development of AI-Driven Digital Twins for Motion Control Learning in Laboratory Automation
実験ロボットの動作学習のためのAI駆動デジタルツインの開発
王 芸澄1, Adrien Mialland2, 光山 統泰2, 齋藤 裕1,2,3 (1東京大学大学院 新領域創成科学研究科, 2産業技術総合研究所 人工知能研究センター, 3北里大学 未来科学研究科)
PO-034
Annotating and discovering CAZymes with deep learning
深層学習による糖質活性酵素のアノテーションと発見
張 瑞軒1, 緒方 博之1 (1京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター)
PO-035
Deep Ensemble Learning for Predicting Treatment Outcomes in Heart Failure
深層アンサンブル学習による心不全の治療予後の予測
出籠 萩人1, 候 聡志2, 戴 哲皓2, 藤田 寛奈2, 尾上 健児3, 野村 征太郎2, 小室 一成4, 濱野 桃子1 (1九州工業大学, 2東京大学医学部附属病院, 3奈良県立医科大学附属病院, 4国際医療福祉大学)
PO-036
mRNA Sequence Generation Conditioned on Regulatory Features via Diffusion Model
拡散モデルを用いた制御的特徴に基づくmRNA配列生成
DAI CHUANKAI1 (1東京科学大学)
PO-037
Integrating high-speed super-resolution microscopy and machine learning for image-based epigenetic profiling in Rett Syndrome
レッド症候群における画像ベースのエピジェネティクスプロファイリングのための高速超解像顕微鏡と機械学習の統合
Ab Ghani Nur Syatila1, 王 芸澄2,3, Dutta Munmee3, 足達 俊吾4, 加藤 薫3,5, 波平 昌一3, 光山 統泰3, 齋藤 裕1,2,3 (1北里大学, 2東京大学, 3産業技術総合研究所, 4国立研究開発法人 国立がん研究センター研究所, 5筑波大学)
PO-038
Accurate Variant Calling via Platform-Specific Error Modeling using Deep Learning
ディープラーニングによるプラットフォーム特異的エラーのモデル化を通じた高精度バリアント検出
楊 仁智1, 藤野 健1, 笠原 雅弘1,2 (1東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻, 2東京大学大学院 新領域創成科学研究科 生命データサイエンスセンター)
PO-039
Segmentation of 3D Time-lapse Images of C. elegans Embryos Using Deformable U-Net
Deformable U-Netによる線虫胚3Dタイムラプス画像のセグメンテーション
Jingyu LI1, 遠里 由佳子1 (1ritsumeikan university)
PO-040
Segmentation of C. elegans Microscopy Images Using a Patch-Position-Conditioned Deep Learning Model
パッチ位置を条件付けた深層学習モデルによる線虫画像のセグメンテーション
吉田 悠紀1, 遠里 由佳子1 (1立命館大学)
PO-041
Automatic Extraction of Cell Perturbation Effects from Biomedical Abstracts Using LLMs
LLMを用いた生物医学文献アブストラクトからの細胞摂動影響の自動抽出
蓮見 正成2, 松澤 亮輔2, 井尻 遥士2, 尾崎 遼1,2 (1理化学研究所, 2筑波大学)
PO-042
Comparative evaluation of methods to map literature-described cell and tissue names to ontological terms
文献に記述された細胞・組織名のオントロジーマッピング手法の比較評価
木村 紗季1, 井尻 遥士1, 尾崎 遼1,2 (1筑波大学, 2理化学研究所)
PO-043
Development of an LLM-based Metadata Normalization Method and Its Application to GEO Metadata
LLMを用いたメタデータ正規化手法の開発とGEOメタデータへの適用
安澤 隼人1,2, 木下 賢吾1,2,3 (1Graduate School of Information Sciences, Tohoku University, 2Tohoku Medical Megabank Organization, Tohoku University, 3Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku University)
PO-044
Investigation of Cell Relationship Extraction Using Language AI toward Understanding Cellular Relationships
細胞間関係性の俯瞰に向けた言語モデルによる細胞間関係性抽出の検討
吉川 芽生1, 水野 忠快1, 大戸 陽平1, 藤本 紘美1, 楠原 洋之1 (1東京大学大学院薬学系研究科分子薬物動態学教室)
PO-045
Subcellular Localization and Protein Function May Influence the Pathogenic Potential of Missense Variants
タンパク質機能と細胞内局在がミスセンス変異の病原性に与える影響の解析
辻 敏之1, 木本 愛佑琶1, 角野 陽菜美1, 土方 敦司2 (1三田国際科学学園高等学校, 2東京薬科大学 生命科学部)
PO-046
Spatially Resolved Transcriptomics Databases for Human Cancers: Current Status and Challenges
ヒトがんの空間トランスクリプトームを対象としたデータベースの現状と問題点
長谷川 森雄1, 尾崎 遼1,2 (1筑波大学 医学医療系 生命医科学域 バイオインフォマティクス研究室, 2理化学研究所 生命機能科学研究センター AI生物学研究チーム)
PO-047
PanelSearch: A Flexible and Customizable Gene Panel Platform for Rare Disease Diagnostics
PanelSearch: 希少疾患診断のための柔軟かつカスタマイズ可能な遺伝子パネルプラットフォーム
申 在紋1, 山口 敦子2, 川嶋 実苗1, 才津 浩智3, 藤原 豊史1 (1情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター, 2東京都市大学 総合理工学研究科情報専攻, 3浜松医科大学 医学部 医化学講座)
PO-048 / HT-603
ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data
ChIP-Atlas 3.0: 染色体構造情報を網羅したエピゲノミクスデータベース
沖 真弥1 (1熊本大学)
PO-049
NanbyoData: A Cross-Domain Integration Platform for Rare Disease Knowledge Sharing
NanbyoData: 希少難病疾患における知識共有のための分野横断型統合基盤
細田 正恵1, 高月 照江1, 申 在紋1, 三橋 信孝1, 藤原 豊史1 (1大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター)
PO-050
Development of high-speed GPU database for whole genome sequencing data
全ゲノムデータ検索のための高速GPUデータベースの開発
正木 紀隆1, 吉沢 優花1, 佐久間 朋寛1, 内田 利文1, 小野 祥正2, 片山 琴絵2, 井元 清哉2 (1三井情報株式会社, 2東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
PO-051
ATTED-II: Plant Gene Coexpression Database with Improved Support for Species Comparison
ATTED-II: 種間比較を強化した植物の遺伝子共発現データベース
大林 武1,2 (1東北大学大学院情報科学研究科, 2東北大学変動環境エコシステム高等研究所)
PO-052
Extension of C. elegans GlycoGene DataBase
C. elegans GlycoGene DataBaseの拡張
北野 信明1, 塩田 正明1, テイラー 幸恵1, 李 正基1, 木下 聖子1 (1創価大学)
PO-053
Proposal of a batch effect correction method applicable to confounding scenarios
交絡シナリオに対処可能なバッチ効果補正手法の提案
廣中 謙一1, 安田 知弘1, 豊村 崇1 (1日立製作所)
PO-054
Graph neural network-based prediction of transcription factors inducing direct reprogramming
グラフニューラルネットワークによるダイレクトリプログラミングを誘導する転写因子の予測
川崎 瞭太1, 竹本 和広1, 濱野 桃子1 (1九州工業大学)
PO-055
ES Cell-Derived Organoids for ASD Modeling and AI-Driven Phenotypic Characterization
ES細胞由来オルガノイドを用いたASDモデルの構築とAIによる表現型解析
橋爪 美萌1, 曽根 秀子1, 中澤 麻衣2, 玉田 嘉紀2 (1横浜薬科大学, 2弘前大学大学医学研究科)
PO-056
Predicting Cell States Using Data-Driven Dynamical Systems
データ駆動型⼒学系による細胞状態予測
人見 花帆1, 加藤 有己1 (1大阪大学)
PO-057 / HT-201
Drug-induced cis-regulatory elements in human hepatocytes affect molecular phenotypes associated with adverse reactions
薬物副作用に関連する分子表現型を制御する薬剤応答性シス制御エレメント
川路 英哉1, 齊藤 紗希1, 和田 涼子1, 西村 友枝1 (1Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science)
PO-058
Comparison of fish skin mucus microbiota composition using RNA-seq and shotgun metagenomics
RNA-seqとショットガンメタゲノムを用いた魚皮膚粘液の菌叢組成比較
今村 千絵1, 古田 芳一1, 田中 秀典1 (1(株)豊田中央研究所)
PO-059
Dynamic Network Biomarker-Based Detection of the Pre-disease state in an Atopic Dermatitis Mouse Model
動的ネットワークバイオマーカーによるアトピー性皮膚炎モデルマウスにおける未病検出
泉水 友洋1, 岩﨑 航太郎1, 合原 一幸2 (1マルホ株式会社, 2東京大学 ニューロインテリジェンス国際研究機構)
PO-060
Benchmarking Robust PCA Methods for scRNA-seq Dimensionality Reduction
scRNA-seqにおける次元削減のためのロバストPCA手法のベンチマーク評価
蒋 思澄2, 浜田 道昭1,2,3 (1産業技術総合研究所, 2早稲田大学, 3日本医科大学)
PO-061
Development of a machine learning method to predict treatment drugs based on functional relationships among biomolecules
生体分子の機能的関係性から疾患治療候補薬を予測する機械学習手法の開発
松元 悠翔1, 吉田 康介1, 楠本 朋一郎1, 平 順一1, 山西 芳裕2, 岩田 通夫1 (1九州工業大学, 2名古屋大学)
PO-062
Omics-based discovery of candidate drugs for osteoarthritis
オミクス情報に基づく変形性関節症治療候補薬の探索
龍 知徳1, 岩田 通夫1 (1九州工業大学)
PO-063
Single-Cell Multi-Omics Analysis of Heterogeneity During Human iPS Cell Reprogramming
ヒトiPS細胞誘導における再プログラミング不均一性の単一細胞マルチオミク解析
xu ruiqi1, 正井 聡美1, 中川 誠人1, 河口 理紗1 (1CIRA, Kyoto University)
PO-064
Comprehensive Analysis of mRNA Fate Determination Regulated by Transcription and Translation Initiation Sites Shifts in Plants
植物の転写開始点及び翻訳開始点の変化が及ぼすmRNAの運命決定に関する網羅的解析
道下 滉人1, 栗山 朋子2, 河内 正治1,2, 松井 南2, 蒔田 由布子1,2, 栗原 志夫2 (1前橋工科大学, 2理研CSRS)
PO-065
Mechanism of Fibrotic Wall Formation at the Liver Tumor Boundary Using Spatial Autocorrelation Analysis
空間的自己相関解析を用いたがん境界部における線維性壁形成メカニズムの解明
野中 允幾1, 越前 佳奈恵1, 神谷 知憲1, 武藤 芳美1, 藤井 英樹1, 孝橋 賢一1, 高橋 遼2, 小玉 尚宏2, 大谷 直子1 (1大阪公立大学, 2大阪大学)
PO-066
Comprehensive Analysis of Characteristics of Multi-Nucleotide Variants (MNV) in the Japanese Population
日本人集団における多塩基変異（MNV）の性状の網羅的解析
安田 千七1,2, 尾崎 遼1 (1筑波大学 医学医療系 生命医科学域 バイオインフォマティクス研究室, 2筑波大学生命環境学群生物学類)
PO-067
Integration of co-expression relationship across multiple datasets based on extended Pan- & Core-network approaches
拡張されたパーンネットワークおよびコアネットワーク手法に基づく複数データセットにおける共発現関係の統合
Zhenbo Jiang1 (1NIBB)
PO-068
A cross-population compendium of gene–environment interactions uncovers the dynamics of genetic architecture
遺伝子–環境交互作用は遺伝的構造の動的変動を解明する
難波 真一1, 曽根原 究人1, バイオバンク ジャパン2, 松田 浩一3, 岡田 随象1 (1東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学, 2東京大学医科学研究所, 3東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻クリニカルシークエンス分野)
PO-069
MitoCOMON: A whole mitochondrial DNA sequencing by universal primer design and long overlapping amplicons assembly
MitoCOMON法：ユニバーサルプライマー設計と重複アンプリコンのアセンブリによる完全ミトコンドリア配列解読
古田 芳一1, 垣田 真奈美1, 田中 秀典1 (1(株)豊田中央研究所)
PO-070
Building a Cloud Platform for Fully Automated and Efficient Genome Analysis
ゲノム解析の全自動化と効率化を実現するクラウド環境構築
木下 大輔1,2, 久我 有祐美1,2, 関家 友子1,2, 湯原 悟志1,2 (1合同会社H.U.グループ中央研究所, 2株式会社エスアールエル)
PO-071
Splicing Junction-based Classifier for the Detection of Abnormal KEAP1-NRF2 System Activation
異常なKEAP1-NRF2システム活性化を検出するスプライシングジャンクションに基づく分類器
Mateos Raul2, Winardi Wira 1, Chiba Kenichi2, Okada Ai2, Suzuki Ayako3, Mitsuishi Yoichiro1, Shiraishi Yuichi2 (1Juntendo University Graduate School of Medicine, 2National Cancer Center Research Institute Japan, 3Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo)
PO-072
Evolutionary Conservation and Genomic Context of MER130 Elements in Tetrapod Species
Nguyen Hung-Ngoc1 (1CBMS, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo)
PO-073
Naviphy: a compass for the accurate phylogenetic tree inference
Naviphy: 正確な系統樹推定に向けた羅針盤
鎌田 航毅2, 松井 求1 (1京都大学・化学研究所, 2東京大学・理学系研究科)
PO-074
ecNGS methods for detecting low-frequency somatic mutations and example of practical application
低頻度体細胞変異を検出するecNGS技術とその実応用例
伊澤 和輝1, 諸角 涼介1, 津田 雅貴1, 杉山 圭一1 (1国立医薬品食品衛生研究所 ゲノム安全科学部)
PO-075
Interval hashing: a simple algorithm for precise overlap detection in alpha satellite HOR regions
インターバルハッシング: alpha satellite HOR領域において正確にオーバーラップを検出するための簡潔なアルゴリズム
鈴木 創1, 須川 正啓1, 坂本 祥駿1, 白石 友一1 (1国立がん研究センター研究所)
PO-076
An Integrated, Reproducible, and Scalable Workflow for Ancient DNA Analysis
古DNA解析の高効率化・高精度化に向けた統合ワークフロー
石谷 孔司1,2 (1金沢大学 サピエンス進化医学研究センター, 2金沢大学 古代文明・文化資源学研究所)
PO-077
Identification of important genes contributing to the virulence of Escherichia coli ST131
大腸菌ST131の病原性に関与する主要遺伝子の同定
鮎川 智紀1, 鈴木 匡弘1, 土井 洋平1 (1藤田医科大学)
PO-078
Enhancing chemical feature space by representation learning of microbe-compound networks
微生物―化合物ネットワークの表現学習による化合物特徴空間の構築
王 超1, 齋藤 裕1,2,3 (1東京大学大学院新領域創成科学研究科 , 2北里大学未来工学部 , 3産業技術総合研究所 人工知能研究センター)
PO-079
Classification of atrial fibrillation patients from pathophysiological images by feature extraction using deep learning and clustering
自己教師あり学習を用いた心房組織像の特徴抽出とクラスタリングによる心房細動患者の層別化
石窪 鈴苑1, 高橋 佑弥2,3, 山口 尊則2, 濱野 桃子1 (1九州工業大学, 2佐賀⼤学医学部附属病院, 3東京大学医学部附属病院)
PO-080
Deep Learning-Based Prediction of Genetic Mutations using Myocardial Nucleus Staining Images in Patients with Heart Failure
心筋細胞核染色画像データから心不全の原因遺伝子変異を予測する深層学習モデルの構築
野林 典朗1, 戴 哲皓2, 候 聡志2, 藤田 寛奈2, 野村 征太郎2, 小室 一成3, 濱野 桃子1 (1九州工業大学, 2東京大学医学部附属病院, 3国際医療福祉大学)
PO-081
Exploring biomarkers for idiopathic pulmonary fibrosis using correlation analysis of serum extracellular vesicles proteomic and clinical datasets
血清細胞外小胞プロテオミクスデータと臨床データの相関解析による特発性肺線維症のバイオマーカー探索
上條 陽平1,2,3, 松村 友美子2, 飯田 緑2, 岩田 通夫2, 濡木 真一4, 石崎 敏理4, 加藤 明良4, 伊藤 眞里6, 武田 吉人5, 黒田 正孝6, 足立 淳6,7, 夏目 やよい6,8, 水口 賢司5,6, 熊ノ郷 淳5 (1愛知県がんセンター研究所, 2九州工業大学, 3名古屋大学, 4大分大学, 5大阪大学, 6医薬基盤・健康・栄養研究所, 7京都大学徳島大学)
PO-082
Clinical big data analysis and deep learning model construction for disease prevention
疾患予防のための臨床ビッグデータ解析と深層学習モデルの構築, 山本 ひより1, 一ノ瀬 音葉2, 森山 裕雅1, 山西 芳裕1 (1名古屋大学, 2九州工業大学)
PO-083
Prediction of therapeutic target molecules using TWAS and disease pathway information
TWASと疾患パスウェイ情報を活用した治療標的分子の予測
郷 遥香1, 難波 里子1, 山西 芳裕1 (1名古屋大学)
PO-084
Drug–disease association analysis with medical data and its application to liver diseases
医療データにおける薬と疾患の連関解析と肝疾患への応用
柴田 蒼司1, 山西 芳裕1, 若林 俊一3, 岩田 通夫2 (1名古屋大学, 2九州工業大学, 3信州大学)
PO-085 / HT-301
TRESOR: comprehensive discovery of therapeutic targets for orphan diseases via integration of GWAS and TWAS
TRESOR: GWASとTWASの融合による希少疾患に対する創薬標的分子の網羅的探索
難波 里子1, 岩田 通夫2, 濡木 真一3, 大谷 則子1, 山西 芳裕1 (1名古屋大学, 2九州工業大学, 3大分大学)
PO-086
Survival Prediction of Cancer Patients Using Machine Learning Models
機械学習モデルを用いたがん患者の寿命予測
下村 功真1, 斎藤 仁志1,2 (1東京理科大学, 2国立がん研究センター)
PO-087
The genomic landscape of extrachromosomal amplifications in pediatric cancer
小児がんにおける染色体外増幅のゲノム全体像
Chapman Owen1 (1名古屋市立大学)
PO-088
Improved variant effect prediction by translocation of fitness landscape across homologs
適応度地形のホモログ間の移植による変異効果予測の精度向上
董 雲飛1, Mialland Adrien3, 齋藤 裕1,2,3 (1東京大学大学院 新領域創成科学研究科, 2北里大学 未来工学部, 3産業技術総合研究所 人工知能研究センター)
PO-089
Mechanistic analysis of compounds that induce anti-aging reprogramming
抗老化リプログラミングを誘導する化合物の作用機序解析
阪口 双葉1, 田中 未来1, 難波 里子1, 上條 陽平1, 菊池 紀広2, 山西 芳裕1 (1名古屋大学, 2株式会社FRACORA)
PO-090
An Integrated Deep Learning Approach for the Differential Diagnosis of FUO using Clinical and PET/CT Imaging Data
臨床およびPET/CT画像データを用いた原因不明熱の鑑別診断に対する統合的深層学習アプローチ
陳 民瑞1, Zhou Yi2, Jiang Huidong3,4, Zhu Yuhan5, Zou Guanjie5, Chen Minqi2, Tian Rong2, Saigo Hiroto1 (1九州大学, 2四川大学華西病院, 3理化学研究所 革新知能統合研究センター, 4東京科学大学, 5東京大学)
PO-091
Analysis of Adverse Event Risk Using MIMIC-IV and Japanese Drug Package Inserts: A Comparison of Known and Unknown Adverse Events
MIMIC-Ⅳと医薬品添付文書を用いた副作用発現リスクの解析と既知・未知副作用の比較検討
久保田 采佳1, 岡野 悠太郎1, 山田 和範1, 樋地 正浩1 (1東北大学大学院情報科学研究科)
PO-092
Construction of a Multimodal Knowledge Graph for Drug Repositioning
ドラッグリポジショニングを目指したマルチモーダル・知識グラフの構築, 鈴木 崇英1,2, 白川 久志1, 井上 飛鳥1, 清水 秀幸2 (1京都大学, 2東京科学大学)
PO-093
Computational prediction of rejuvenation-inducing transcription factors in senescent cells
老化細胞を若化細胞へ変換する転写因子候補の予測
田中 未来1, 難波 里子1, 山西 芳裕1 (1 名古屋大学大学院 情報学研究科)
PO-094
Genome based prediction model for mental disorders
遺伝情報に基づく精神疾患の発症予測モデル構築
中田 祐登1, 牧野 能士1 (1東北大学)
PO-095
A Machine Learning Model for Predicting the Onset of ICI-induced Myocarditis
ICI誘発性心筋炎発症予測のための機械学習モデル
大森 悠生1, 山元 黎奈4, 濱野 裕章1,2, 中込 昂希1, 内山 充佑1, 上原 孝4, 座間味 義人1,2 (1岡山大学 臨床薬剤学, 2岡山大学病院 薬剤部, 3岡山大学大学院 医歯薬学総合研究科 薬効解析学教室, 4岡山大学 学術研究院医歯薬学域 薬効解析学)
PO-096
Prediction of metastasis based on gene expression in normal tissue adjacent to tumor
がん隣接正常組織（NAT）の遺伝子発現情報に基づいたがん遠隔転移の予測モデルの構築
小野 真一朗1, 牧野 能士1 (1東北大学 生命科学研究科)
PO-097
Exploration and Validation of Prophylactic Drugs for Immune Checkpoint Inhibitor-Induced Myocarditis
免疫チェックポイント阻害薬誘発心筋炎の予防薬探索・検証
山元 黎奈1, 濱野 裕章2,3, 赤田 賢心3, 森川 力斗3, 座間味 義人2,3, 上原 孝1 (1岡山大学 学術研究院医歯薬学域 薬効解析学, 2岡山大学病院 薬剤部, 3岡山大学 臨床薬剤学)
PO-098
A filtering technique of full-length meta 16S rRNA analysis of intra-tissue microbiome analysis in colorectal cancer
大腸癌の組織内細菌叢解析を行うためのfiltering手法
瀧原 速仁1, 田島 陽介1, 若井 俊文1, 奥田 修二郎1 (1新潟大学)
PO-099
Meta-Analysis of Host Transcriptomic Signatures to Assess Infection and Pathogenicity of Animal-Derived Viruses
宿主の発現応答を手がかりとした動物由来ウイルスの検出と性質予測
川崎 純菜1, 伊東 潤平4, 浜田 道昭3, 鈴木 忠樹1 (1千葉大学 医学研究院, 2国立感染症研究所 感染病理部, 3早稲田大学 理工学術院, 4東京大学 医科学研究所)
PO-100
Functional evaluation of the unknome in the most abundant marine bacterial clade
海洋に優占する細菌系統群が持つ機能未知遺伝子の網羅的な機能予測解析
西野 聡1,2, 富永 賢人1, 大前 公保3, 濵﨑 恒二1,2, 西村 祐貴1, 吉澤 晋1 (1東京大学 新領域創成科学研究科, 2東京大学 大気海洋研究所, 3理研 CPR)
PO-101
Development of Microbial Species Distribution Models for Japanese Soils Using Citizen Science–Based Environmental Metagenomic Data
市民科学由来の環境メタゲノムデータを活用した土壌微生物分布モデルの構築
青木 裕一1,2, 大久保 智司3, 加藤 広海3, 佐藤 修正3, 南澤 究3 (1東北大学 東北メディカル・メガバンク機構, 2東北大学 大学院情報科学研究科, 3東北大学 大学院生命科学研究科)
PO-102
PlanDyO: A Meta-Epigenomic Platform for Monitoring Marine Plankton Dynamics in Northeastern Japan
PlanDyO: 東北沿岸域における海洋プランクトン動態のメタエピゲノムプラットフォーム
大林 武1,2, 藤井 豊展1,3, 北村 茜1, 熊野 岳1,4, 池田 実1,4 (1東北大学変動海洋エコシステム高等研究所, 2東北大学大学院情報科学研究科, 3東北大学大学院農学研究科附属女川フィールドセンター, 4東北大学大学院生命科学研究科附属浅虫海洋生物学教育研究センター)
PO-103
Tumor Microenvironment Subcellular Cell Interaction Analysis with a Multimodal Spatial Transcriptomics Deep Generative Model
腫瘍微小環境細胞間相互作用解析のためのマルチモーダル空間トランスクリプトーム深層生成モデル
杜 柏鋭1 (1東京大学)
PO-104
Integrative Spatial Transcriptomic and Geographical Analysis Reveals Cellular Co-localization Patterns in Hepatocellular Carcinoma
地理情報解析手法を応用した空間トランスクリプトーム解析による肝がん組織内の細胞共局在推定
越前 佳奈恵1, 野中 允幾1, 神谷 知憲1, 武藤 芳美2, 藤井 英樹2, 孝橋 賢一3, 小玉 尚宏4, 大谷 直子1 (1大阪公立大学 大学院医学研究科 病態生理学, 2大阪公立大学 大学院医学研究科 肝胆膵内科学, 3大阪公立大学 大学院医学研究科 診断病理・病理病態学, 4大阪大学 大学院医学研究科 消化器内科学)
PO-105
Spatial Gene Expression Estimation from Pathology Slides under Stochastic Noise and Batch Effect
バッチ効果と確率的ノイズを持つ空間トランスクリプトミクスにおける相対発現学習による病理画像からの遺伝子発現推定
西村 和也1, 小嶋 泰弘1, 廣瀬 遥香1, 備瀬 竜馬2, 志久 開人2 (1国立がん研究センター, 2九州大学)
PO-106
Comprehensive analysis of breast cancer immune hot/cold niches by spatial and transcriptome integrated analysis
空間トランスクリプトーム統合解析による乳がん免疫ホット／コールドニッチの網羅的解析
黒木 心和1, 是枝 達也2 (1横浜市立大学大学院医学系研究科, 2クリニックフォア田町)
PO-107 / HT-302
MetDeeCINE: Deciphering Metabolic Regulation through Deep Learning and Multi-Omics
MetDeeCINE: 定量的代謝ネットワーク構築のためのマルチオミクス統合AI
伊東 巧1, 大野 聡1, 王 一然2, 黒田 真也2, 清水 秀幸1 (1東京科学大学, 2東京大学)
PO-108
Segmentation method of approximate cell region using a quadtree in spatial transcriptomics
空間トランスクリプトーム解析における領域四分木を用いた細胞領域の分割手法
相川 哲哉1, 杉山 響1, 繁田 浩功1, 梅谷 俊治1, 瀬尾 茂人1 (1大阪大学大学院情報科学研究科)
PO-109
A computational approach to accurately predict metabolites of constituents in Kampo medicine.
漢方薬成分の代謝産物を正確に予測する計算アプローチ
村木 優太1,2, 大渕 勝也2, 西 明紀2, 山西 芳裕1 (1名古屋大学大学院, 2株式会社ツムラ)
PO-110
Cell Level Analysis of Spatial Transcriptomics Using Visium HD
Visium HDによる空間トランスクリプトームの細胞単位解析
山崎 将太朗1 (1大阪大学・バイオインフォマティクスセンター)
PO-111
SpatialKNifeY (SKNY): Detection of the Tumor Microenvironment and Estimation of Tumor Progression Trajectory Using Spatial Transcriptomics of Breast Cancer
SpatialKNifeY (SKNY): 乳がん空間トランスクリプトームを用いた腫瘍微小環境の検出および腫瘍進展の推定
酒井 俊輔1,2, 野村 亮輔1,3, 池 成基1, 永澤 慧3,4, 鈴木 絢子3, 鈴木 穣3, 石川 俊平5, 土原 一哉1,2, 影山 俊一郎1, 山下 理宇1 (1国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野, 2東京大学大学院 新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻, 3東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻, 4国立がん研究センター東病院 乳腺外科, 5国立がん研究センター 先端医療開発センター 臨床腫瘍病理分野)
PO-112
Improving miRNA Single-Molecule Detection via Ambiguity Reduction in Nanopore Signal Data
ナノポア計測データからの曖昧信号除去による microRNA 単分子識別精度の向上
江村 聡馬1, 竹内 七海1, 川野 竜司1 (1東京農工大学)
PO-113
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas covering a wide variety of tissues and conditions
DeepSpaceDB：多様な組織・疾患を網羅する空間トランスクリプトミクスデータベース
Vandenbon Alexis1 (1京都大学)
PO-114
Spatially-Informed Ranker for Disease-associated gene Prioritization
疾患関連遺伝子の優先順位付けのための空間情報活用ランカー
張 洪瑞1, 笠原 雅弘1,2 (1東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻, 2東京大学大学院 新領域創成科学研究科 生命データサイエンスセンター)
PO-115
HPC cluster construction and RNA-seq analysis pipeline
HPCクラスタ構築とRNA-seq解析パイプライン
加藤 大和1, 石川 昌和1, 桑原 知巳1,2, 秋光 和也1,3 (1香川大学 バイオインフォマティクス解析センター, 2香川大学 医学部, 3香川大学)
PO-116
Computational Modeling of Synaptic Pruning in Neural Circuit Formation
神経回路形成におけるシナプス刈り込みの数理モデル構築
宇治川 和希1, 波江野 洋2 (1東京理科大学大学院生命科学研究科, 2東京理科大学生命医科学研究所)
PO-117
Exploration of chemical characteristics associated with the uncertainty in BCF prediction
BCF 予測の不確実性に関与する化学物質の特徴探索
前田 陸2, 仲山 慶1, 田上 瑠美1, 飯田 緑2 (1愛媛大学 沿岸環境科学研究センター, 2九州工業大学 情報工学部)
PO-118
Developing Explainable BCF Prediction Models for Accelerating Environmental Risk Assessment
環境リスク評価の効率化に向けた解釈可能なBCF予測モデルの構築
吉村 泰志1, 仲山 慶2, 田上 瑠美2, 飯田 緑1 (1九州工業大学 情報工学部, 2愛媛大学 沿岸環境科学研究センター)
PO-119
Facilitating International Collaboration and Utilization through the Japanese Translation of Phenotype Ontologies
表現型オントロジー（MONDO/MP）の日本語化による国際連携と活用
高月 照江1, 藤原 豊史1 (1大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター)
PO-120
Prediction of Kampo medicines to reduce side effects caused by Western medicines
西洋薬による副作用を軽減する漢方薬の予測
上田 みのり1, 一ノ瀬 音葉1, 亀淵 由乃1, 島田 祐樹1, 澤田 隆介2, 門脇 真3, 山西 芳裕4, 岩田 通夫1 (1九州工業大学, 2岡山大学, 3富山大学, 4名古屋大学)
PO-121
Study on Prediction Models of Protein-Protein Interactions in Hetero Protein Complexes using ESM-C
ESM-Cを用いたヘテロタンパク複合体の相互作用部位予測モデルの検討
李 嘉一2, 粟野 浩大1, 田中 啓介1, 村上 洋一1 (1東京情報大学総合情報学部, 2東京情報大学総合情報学研究科)
PO-122
Impact of Geohistorical Oxygen Levels on Globin Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach
古代の酸素濃度がグロビンの分子進化に与えた影響：系統解析的手法による検討
森田 星羅1, 大森 聡1, 今村 比呂志1, 墨 智成2, 常重 アントニオ3, 磯貝 泰弘4, 白井 剛1 (1長浜バイオ大学, 2室蘭工業大学, 3法政大学, 4富山県立大学)
PO-123
A fast method for calculating haplotype frequencies using Wavelet Tree
Wavelet Treeを用いた高速なハプロタイプ頻度計算法
三澤 計治1 (1横浜市立大学データサイエンス学部)
PO-124
DiCleavePlus: A Transformer-based model to detect Dicer
DiCleavePlus：パターン中のDicer切断サイトを検出するTransformerベースモデル
牟 李玄1, 阿久津 達也1 (1京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター)
PO-125
Full-length transcriptome profiling uncovers extensive isoform alterations during human somatic cell reprogramming
フルレングスRNAプロファイリングにより明らかになったヒト体細胞初期化における大規模なアイソフォームの再編成
正井 聡美1,2, 柚木 康弘1, 施 偉鵬1,2, 河口 理紗1,3, 中川 誠人1 (1京都大学iPS細胞研究所, 2京都大学大学院医学研究科, 3東京大学大学院薬学系研究科)
PO-126
Improving Cell Type Homogeneity in Single-Cell Clustering by Leveraging Supervised Cell Type Classification Model
教師あり細胞種推定モデルを活用した単一細胞クラスタリングの均一性向上
森下 総司1, 吉田 真希子1, 安田 知弘1, 白井 正敬1 (1株式会社日立製作所)
PO-127
Long-Read Sequencing of Aquatic Environmental DNA for Complete Mitogenome Reconstruction
ロングリードシーケンシングによる環境DNAからのミトコンドリア全長の獲得
水野 ひなの1, 田中 秀典1 (1株式会社豊田中央研究所)
PO-128
Single-cell analysis tracing karyotypic and transcriptional evolution of aneuploid cells
シングルセル解析が明かすがん細胞の進化過程：染色体の異数性と転写変化の追跡
雷 声越1,2, 趙 民知1, 加藤 詩子1, 広田 亨1,2 (1公益財団法人がん研究会・がん研究所・実験病理部, 2東京科学大学大学院・JFCR腫瘍制御学)
PO-129
Exon-Specific DNA Methylation Patterns in the Mouse Hippocampus
マウス海馬におけるエクソン特異的DNAメチル化
NAMUUNBAYAR GANCHIMEG1 (1東北大学大学院 大学院情報科学研究科)
PO-130
Proposing a Sampling Method for Sequence Alignments with GFlowNets
GFlowNetsを用いた配列アラインメント手法の提案
山岸 優希1, 福永 津嵩1 (1慶應義塾大学理工学部生命情報学科)
PO-131
GEMS: Finite-State Machine Abstraction for General Laboratory Automation
GEMS: 実験の汎用自動化に向けた有限状態機械の導入
田原-新井 悠也2, 加藤 月1, 落合 幸治1, 阿住 和哉1, 神田 元紀3, 尾崎 遼1,2 (1理化学研究所, 2筑波大学, 3東京科学大学)
PO-132
Streamlined scRNA-seq Workflows with nf-core: A Nextflow-Based Solution for Large-Scale Data Integration
nf-coreによるscRNA-seqワークフローの効率化：大規模データ統合のためのNextflowベースのソリューション
ナガイ ルイス1,2, Trummer Nico2, Reif Serafina2, Dietrich Alexander2, Hafner Leon2, Weyrich Malte2, Nakato Ryuichiro1, List Markus2 (1東京大学, 2Technical University of Munich)
PO-133
Design of de novo nanopores via structure prediction and classification models
構造予測と分類モデルを組み合わせたde novoナノポア設計
佐藤 茉奈1, 藤田 祥子1, 川野 竜司1 (1東京農工大学 工学府 生命工学専攻)
PO-134
A hybrid strategy combining deep learning and MD simulation to design BCAT1-inhibitory proteins
深層学習とMDシミュレーションを組み合わせたBCAT1阻害タンパク質設計のためのハイブリッド戦略
林 周斗1,2, 林 康貴1, 小関 準3, 島村 徹平1 (1東京科学大学, 2ナノ医療イノベーションセンター, 3産業技術総合研究所)
PO-135
Comprehensive analysis of genome variants affecting antibody-drug binding affinity using complex structure prediction AI
抗体―抗原複合体構造予測AIを活用した結合親和性に影響を与えるゲノムバリアントの包括的解析
土方 敦司2, 村山 恵一郎1 (1東薬大・院生命, 2東薬大・生命)
PO-136
A hybrid approach for RNA 3D structure prediction integrating deep learning and simulation
深層学習とシミュレーションを用いたRNA3次元構造の予測
築山 翔1, 築山 翔1, 倉田 博之2, 佐藤 健吾1, Yang Zhang3 (1東京科学大学, 2九州工業大学, 3シンガポール国立大学)
PO-137
Score Distribution Learning for Predicting Diverse Bioactivity Values in Protein-Ligand Docking for GPCRs and Kinases
GPCRおよびキナーゼを対象としたタンパク質-リガンドドッキングにおける多様な生物活性値予測のためのスコア分布学習
史 京州2, 渡辺 佳晃1,2, 岩舘 満雄1,2 (1中央大学理工学部生命科学科, 2中央大学大学院理工学研究科生命科学専攻)
PO-138
A graph representation of probe spheres and amino acids for interacting molecule prediction from 3D protein structure
立体構造から相互作用分子を予測するためのプローブ球群とアミノ酸群をノードとするグラフ表現
川端 猛1 (1東北大学 大学院情報科学研究科)
PO-139
Co-transcriptional folding simulation of tandemly arranged artificial riboswitches
タンデム配置された人工リボスイッチの転写中フォールディングシミュレーション
種田 晃人1 (1弘前大学大学院理工学研究科)
PO-140
Simulation analysis of visual functions of voltage-gated Sodium channels expressed in human photoreceptor cells
ヒト視細胞に発現する膜電位依存性Na+チャネルの視覚機能のシミュレーション解析
河合 房夫1 (1藤田医科大学医学部生理学II)
PO-141
Heart rate variability analysis of the effects of odorants on human autonomic nervous activity
ヒト自律神経活動に匂い物質が及ぼす影響の心拍変動解析
河合 房夫1 (1藤田医科大学医学部生理学II)
PO-142
Enhancing TCR-pMHC II Binding Prediction with Contrastive Learning
対照学習を活用したTCR-pMHCクラスII結合予測AIモデルの開発
中西 一貴1, 清水 秀幸1 (1東京科学大学)
PO-143
Chaotic Search-Enhanced Real-Coded Genetic Algorithm
代謝モデルの最適化を目的とするカオス探索を導入した実数型遺伝的アルゴリズム
神田 裕也1, 遠里 由佳子1 (1立命館大学)
PO-144
CoSiNe and SignedLFR: Tools for Signed Graph Simulation and Gene Community Detection in Single-Cell RNA-seq Data
CoSiNeとSignedLFR：単一細胞RNA-seqデータにおけるサイン付きグラフシミュレーションと遺伝子コミュニティ検出のためのツール
ナガイ ルイス1,2, List Markus1, Nakato Ryuichiro2 (1Technical University of Munich, 2university of tokyo)
PO-145
INGOR: A Multi-purpose Biological Network Estimation Application
INGOR: 多目的生物ネットワーク予測アプリケーション
玉田 嘉紀1, 中澤 麻衣1,2, 藤本 健二3, 櫻木 実2, 峰晴 陽平2, 内野 詠一郎2, 奥野 恭史2 (1弘前大学大学院医学研究科附属健康・医療データサイエンス研究センター, 2京都大学大学院医学研究科ビッグデータ医科学分野, 3弘前大学大学院理工学研究科)
PO-146
Neural posterior estimation for switching stochastic differential equation-based models applied to biological time-series data
生命情報データにおけるスイッチング確率微分方程式ベースモデルへのニューラル事後推定の適用
細田 至温1, 浜田 道昭1,2,3 (1早稲田大学, 2産業技術総合研究所, 3日本医科大学)
PO-147
Predicting reprogramming factors based on gene regulatory dynamics
遺伝子制御ダイナミクスに基づくリプログラミング因子予測
石川 雅人1, 望月 敦史1 (1京都大学 医生物学研究所)
PO-148 / HT-101
Novel artificial intelligence-based identification of drug-gene-disease interaction using protein-protein interaction
タンパク質間相互作用を利用した人工知能による新しい薬剤遺伝子-疾患相互作用の同定
田口 善弘1 (1中央大学)
PO-149
Novel AI-powered computational method using tensor decomposition can discover the common optimal bin sizes when integrating multiple Hi-C datasets
テンソル分解を用いた新規のAI計算手法は、複数のHi-Cデータセットを統合する際に、共通の最適なビンサイズを発見することができる
田口 善弘1 (1中央大学)
PO-150
MORE-RNAseq: a pipeline for quantifying retrotransposition-capable LINE1 expression based on RNA-seq data
MORE-RNAseq: RNA-seqデータから転移可能なLINE1発現を同定するパイプラインの開発
仲地 ゆたか1, 杜 建彬1,2, 渡邊 理紗1,3, 柳田 悠太朗1, 文東 美紀1, 岩本 和也1 (1Dept. Mol. Brain Sci., Grad. Sch. Med. Sci., Kumamoto Univ., 2Dept. Geriatric Psychiat, Mental Health Ctr., Jiangnan Univ., 3Dept. Psychiat, Icahn Sch. Med. at Mount Sinai)
PO-151 / OS-103
PLANT: Protein language model for predicting the antigenicity of Influenza viruses
PLANT: インフルエンザウイルスの抗原性を予測するタンパク質言語モデル
伊東 潤平1, 川久保 修佑1, 海野 博亮1, Strange Adam1, Lytras Spyros1, Lilley Alice2, Harvey Ruth2, Lewis Nicola2, 佐藤 佳1 (1東京大学医科学研究所, 2The Francis Crick Institute)
PO-152 / OS-304
DeepRES: Deep learning enables reaction-based comprehensive enzyme screening
DeepRES: 反応情報に基づく網羅的な酵素スクリーニングのための深層学習モデル, 廣田 佳亮1, 山田 拓司1,2,3,4 (1東京科学大学, 2株式会社メタジェン, 3メタジェンセラピューティクス株式会社, 4株式会社digzyme)
PO-153 / OS-203
RNA Inverse Folding Using a Grammar-Guided Generative Model with Tree-Based Representations
文法誘導と木構造表現を用いた生成モデルによるRNA逆折り畳み
渡邉 健太郎1, 秋山 真那斗2, 榊原 康文2 (1慶應義塾大学大学院 理工学研究科, 2北里大学 未来工学部)
PO-154 / OS-602
Multimodal Gene–Environment Modeling of Disease Onset Using a Context-Aware Genome Language Model
ゲノム言語モデルを用いた疾患発症における個別遺伝・環境相互作用のマルチモーダル解析
櫻木 実1, 浅田 梨湖1, 鎌田 真由美1, 奥野 恭史1 (1京都大学大学院医学研究科ビッグデータ医科学)
PO-155 / OS-504
SlopeSearch: an improved slope-based alignment-free method for genome
SlopeSearch: ゲノム類似性検索のための斜率ベース非アライメント法の改良アルゴリズム
CHEN YE1, Frith Martin1 (1The University of Tokyo)
PO-156
Information analysis of 25 types of biomarker proteins that predict the onset of dementia
認知症の発症予測を担う25 種類のバイオマーカータンパク質群の情報解析
原茂 恵美子1,2, 林 千尋1,2, 和賀 巌1,2,3 (1フォーネスライフ株式会社, 2NECソリューションイノベータ株式会社, 3東北大学)
PO-157
TGFβ-induced transcriptional machinery assembled on Myc TAD drives osteosarcoma development
Myc TAD上に形成されるTGFβ誘導性の転写装置は、骨肉腫発症を促進する
上野 智也1, 伊藤 公成1 (1長崎大学医歯薬学総合研究科 分子腫瘍生物学)
PO-158
Cell type–specific functions of nucleic acid-binding proteins revealed by deep learning on co-expression networks
各細胞種の核酸結合タンパク質の発現制御遺伝子と機能を予測する手法の開発
大里 直樹1, 佐藤 健吾1 (1東京科学大学)
PO-159
System-Wide Alteration of Transcription Factor Regulatory Networks During Neural Differentiation in Down Syndrome
転写制御ネットワークを用いたダウン症候群における神経分化能の解析
池内 香菜子1,2, 森岡 勝樹1, 信定 知江1,2, 粕川 雄也1,2 (1理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チーム, 2横浜市立大学大学院 生命医科学研究科生命医科学専攻)
PO-160
Scarpia: A novel approach for detecting allele-specific copy number alteration in cancer genomes based on extended PELT algorithm
Scarpia: 拡張PELTアルゴリズムを用いた，がん組織におけるアレル特異的コピー数変化を同定する新規アプローチの開発
伊藤 佑1,2, 鈴木 創1, 坂本 祥駿1, 白石 友一1 (1国立がん研究センター研究所 ゲノム解析基盤開発分野, 2東京大学医学部附属病院 呼吸器内科)
PO-161
BWT-based de novo interspersed repeat detection for large-scale genomes
BWTを用いた巨大ゲノムのための散在反復配列検出
武田 淳志1, 福永 津嵩2,3, 浜田 道昭3,4,5 (1早稲田大学先進理工学研究科, 2慶應義塾大学理工学部, 3早稲田大学理工学術院, 4産業技術総合研究所 細胞分子工学研究部門, 5日本医科大学 医学研究科)
PO-162 / OS-104
Estimating the impact of haplotype-phased SNVs on protein structure and transcriptional expression
ハプロタイプに関連するSNVによるタンパク質立体構造および転写発現への影響推定
大平 正貴1,2, 長﨑 正朗3,4, 土原 一哉1,2, 山下 理宇1,5 (1国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野, 2東京大学大学院 新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻, 3九州大学 生体防御医学研究所 高深度オミクスサイエンスセンター バイオメディカル情報解析分野, 4京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センター, 5東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻)
PO-163
The catalytic fold of PARG1 RhoGAP for RhoA protein promoted by the C1 domain and deduced mutational effects of NSCL/P on the complex structure
C1ドメインによって促進されるPARG1 RhoGAPのRhoA蛋白質の触媒構造と基質複合体に及ぼす先天性口蓋裂変異の推定される影響
河内 全1, 小島 正樹2, 坂元 一真1 (1愛知県医療療育総合センター 発達障害研究所 神経情報研究部, 2東京薬科大学 生命科学部 生物情報科学研究室)
PO-164 / OS-402
Analysis and Prediction of the Impact of Anticancer Drugs on Gut Microbiota
がん治療薬による腸内細菌叢の変化解析と予測モデルの構築
栗原 恭子1,2, 酒井 俊輔1,2, 飯田 直子3, 澤田 憲太郎4, 洞澤 智至3, 藤澤 孝夫3,5, 中村 能章3,6, 影山 俊一郎2, 土原 一哉1,2, 山下 理宇2,7 (1東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻, 2国立がん研究センター先端医療開発センタートランスレーショナルインフォマティクス分野, 3国立がん研究センター東病院医薬品開発推進部トランスレーショナルリサーチ支援室, 4釧路労災病院腫瘍内科, 5国立がん研究センター東病院頭頸部内科, 6国立がん研究センター東病院消化管内科, 7東京大学新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻)
PO-165 / OS-502
Generative model for deciphering the relationship between mtDNA genotype and phenotypic heterogeneity
cloneVI:mtDNA多様性と表現型不均一性の連関を読み解くための深層生成モデル
日比 太智1,2,3, 小嶋 泰弘2, 島村 徹平3 (1名古屋大学大学院医学系研究科総合医学専攻データ駆動生物学分野, 2国立がん研究センター研究所計算生命科学ユニット, 3東京科学大学難治疾患研究所計算システム生物学分野)
PO-166 / OS-404
Unsupervised annotation of spatial transcriptomes based on vectorial information
ベクトル情報に基づく空間トランスクリプトームの教師なしアノテーション
野村 亮輔1,2, 酒井 俊輔1,3, 影山 俊一郎1, 山下 理宇1,2 (1国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野, 2東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻, 3東京大学大学院 新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻)
PO-167
ML-guided mass defect-based glycopeptide classifier for next-gen glycoproteomics
張 秉元2, Chau The Huong 1, Kawahara Rebeca2, Matsui Yusuke2, Thaysen-Andersen Morten1,2 (1Macquarie University, 2Nagoya University)
PO-168 / OS-503
Rewinding Time to Trace the Cooperative Evolution of Genes and Transcriptional Regulation
時間の”巻き戻し”による遺伝子と転写制御の協調的進化の解明
原 雄一郎1,2, 吉沢 直子2, 夏目 豊彰2, 和田 涼子2, 豊田 敦3, 川路 英哉2 (1北里大学 未来工学部, 2東京都医学総合研究所 ゲノム医学研究センター, 3国立遺伝学研究所)
PO-169
A Deep Learning Framework for Rapid and Scalable KEGG Orthology Annotation
深層学習を用いた高速かつスケーラブルなKEGGオルソログ注釈
YU ZHAOXI1, Meng Lingjie1, Nguyen Canh Hao1, 馬見塚 拓1, 金久 實1, 緒方 博之1 (1Kyoto University)
PO-170 / OS-604
Decoding genomic and epigenomic diversity of transposable elements in brain
ヒト死後脳における転移因子のGenetic/Epigeneticな多様性の解析
渡邊 理紗1 (1マウントサイナイ医科大学, 2カリフォルニア大学ロサンゼルス校)
PO-171
Molecular mechanisms of temperature-induced diapause and recovery in the hydrozoan Cladonema pacificum
エダアシクラゲにおける温度誘導性の休眠と回復の分子メカニズム
宇井 淳一郎1, 鈴木 太一2, 倉永 英里奈2,3, 三浦 正幸4, 中嶋 悠一朗1 (1東京大学大学院薬学系研究科, 2東北大学大学院生命科学研究科, 3京都大学大学院薬学研究科, 4基礎生物学研究所)
PO-172 / OS-204
A Maximum Expected Accuracy–Based RNA Secondary Structure Prediction Method Considering Loop Structures
ループ構造を考慮した最大期待精度型RNA二次構造予測手法
太田垣 匠1, 浅井 潔1 (1東京大学)
PO-173
Predicting Functional Residues of Thymidine Kinases Using AlphaFold
AlphaFoldを用いたチミジンキナーゼの機能残基推定
山口 達生1, 李 秀栄2, 渡部 匡史3, 藤室 雅弘4, 夏目 やよい1 (1医薬基盤•健康•栄養研究所 AI健康•医薬研究センター バイオインフォマティクスプロジェクト, 2医薬基盤•健康•栄養研究所 AI健康•医薬研究センター インシリコデザインプロジェクト, 3琉球大学大学院医学研究科 ウイルス学講座, 4京都薬科大学 細胞生物学分野)
PO-174
Risk prediction of liver-related and cardiovascular events in steatotic liver disease: A machine learning analysis using a large-scale cohort
脂肪性肝疾患における肝・心血管イベントのリスク予測：大規模コホートと機械学習を用いた解析
若林 俊一1, 木村 岳史1, 玉城 信治2, 黒崎 雅之2, 田中 直樹3 (1信州大学医学部内科学第二教室・消化器内科, 2武蔵野赤十字病院消化器内科, 3信州大学医学部国際医学研究推進学)
PO-175
RatGene: Gene Deletion-Addition Algorithms Using Growth to Production Ratio for Growth-Coupled Production in Constraint-Based Metabolic Networks
RatGene: 制約に基づく代謝ネットワークにおける成長-生産連関のための成長-生産比を用いた遺伝子削除と追加アルゴリズム
YIER MA1, TAMURA TAKEYUKI1 (1Kyoto University)