お知らせ:公募のお知らせ

平成23年度DDBJオープンシステムプロジェクトの募集について


日本DNAデータバンク(以下 DDBJ)では,次世代シーケンサの出現にともなう
計算機需要の急激な高まりに対応し,DDBJが所有する「解析サーバ PCクラスタ (ホスト名 an200)」を所内外の研究者に利用頂くため,以下の要領で,平成23年度「DDBJオープンシステムプロジェクト」を募集致します。


この研究プロジェクトでは,研究者自身に大規模計算機環境を提供し,様々なデータ解析,シミュレーションや,バイオ関連のプログラム開発,高速化に関する試用にお使い頂く事が可能です。

研究プロジェクト期間中は最大48ノード(192コア)を無償でご利用できます。

なお,応募が多い場合は,分割利用になる可能性もございます。

URL: http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/2011/110620-j.html


1. 研究プロジェクトの対象

本研究プロジェクトの対象となる研究は「最大48ノード(192コア)」を使用する大規模計算を大量に行う研究を対象とします。(上記ノード内での分割提供も可能です)

2. 応募資格

申込者(代表者)は「国内の大学に所属する研究者,公共機関に所属する研究者」に限定します。研究グループのメンバーは,情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規約に準ずる有資格者,すなわち:
・国内の大学に所属する学生・研究者
・公共機関に所属する研究者
・企業に所属する研究者,技術者

でなければなりません。

情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規規約
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/nigapply/rule_doc-j.html


3. オープンシステムプロジェクトの要件

①研究期間は平成23年8月1日~平成23年12月15日の間とします。
(以降についても同様の募集を予定していますが,詳細についてはあらためて公表します。)
②期間中は,最大48ノード専用システムを無償で利用できます。

4. 応募締切

平成23年7月11日(月)必着(応募多数の場合は,早期に締切とさせて頂く場合があります)

5. 審査方法

応募課題は,DDBJにより審査し,平成23年7月22日(金)(予定)までに採否を申込者(代表者)にご連絡致します。
審査にあたり,応募課題について代表者に問い合わせを行なうことがあります。
また,利用環境,利用期間等について調整させていただく場合があります。
例年,利用日(期間)を指定しての申込を受付ますが,スケジューリングの都合,必ずしもご希望に副えない場合がありますのでご了承下さい。

6. 応募方法,問い合わせ先

応募は申込書類にご記入頂き,電子メールに添付してお送りください。
申込および,お問い合わせは,DDBJオープンシステムプロジェクト受付(下記)までお願いします。

DDBJ オープンシステムプロジェクト受付:
E-mail:opensystem@ddbj.nig.ac.jp

7. 申込に必要な項目

所定の書式にご記入いただき,電子メールにてお送りください。書式(pdf,MS-WORD)は以下のサイトよりダウンロードできます。

平成23年度DDBJオープンシステム (PDF FILE)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/2011/moushikomi.pdf
平成23年度DDBJオープンシステム (Word 形式)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/2011/moushikomi.doc

①申込年月日
②申込者(代表者)情報(所属,職名,電話,E-mail,連絡先住所)
オープンシステムプロジェクト課題名
オープンシステムプロジェクトの概要
⑤プログラム概要,必要な計算機資源,特記事項 等

なお,採択されたプロジェクトについては,DDBJホームページ等で申込み内容を公表させて頂く場合がありますので,ご了承願います。

8. 利用できる計算機について

オープンシステムプロジェクトで利用できる計算機の概要を以下に示します。

1ノードあたりのスペック(最大48ノード)
・CPU : Xeon(2Core) 3.00GHz × 2
・メモリ : 8Gbyte
・ネットワーク : 1000Base-T
・内蔵ディスク : 147Gbyte
・OS : Red Hat Enterprise Linux 4.6 ES (EM64T)
・HPC開発/実行環境 : 富士通 Parallelnavi NQS(以下 NQS)/
                      Oracle Grid Engine V6.2 update5(以下 OGE)

ノード間共用ディスク領域
・ディスク容量 : 5TB程度 (5TB以上の利用については応相談)

*計算機ハードウエア資源以外に必要となるソフトウエア類については,利用者側にてご用意(インストール)頂く事になりますのでご了承下さい。

*NQS及び,OGEを利用した実行環境をご利用頂きますので,並列環境を用いない,単ノードへログインしての,バッチジョブの実行はご利用出来ません。

*OSのバーション,OGE等は,インストール時の最新バージョンでインストールしておりますので,掲載バーションが変更される可能性がありますのでご了承下さい。

*OGE及び,インストール頂きました,フリーソフトウエアについては,サポート対象となりませんのでご了承下さい。