遺伝子ネットワークの推計ソフトウェアSiGN-BNの講習会と実習

このたび、東京・お台場の産総研でHPCI戦略プログラム 分野1主催の
講習会と「京」互換機(SCLS計算機システム)を用いた実習を開催することに
なりましたので、ご案内申し上げます。

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次世代シークエンサーやDNAチップなどの計測技術を用いて得られた細胞内
遺伝子発現量の多種類のデータ(遺伝子発現データ)から遺伝子間の統計的
因果関係を推計するプログラムであるSiGN-BNの講習会と、SCLS計算機
システムを用いた実習を開催します。

SING-BN の特徴:
相関関係を統計的因果関係の代替変数にみなすことが安易にされることもあり
ますが、統計学的には相関と因果とは直接の関係はありません。SiGN-BNが
採用しているベイジアンネットワーク・モデルは最も厳密に統計的因果関係を
推計する方法で、計算結果は遺伝子間の有向グラフとして表示されます。

例えば「遺伝子A→遺伝子B」と表示されると、遺伝子Bは遺伝子Aによる制御
を受けていると推測されます。あらかじめ、実験計画の段階から注目する遺伝
子Bが存在する場合、遺伝子Bと有向グラフで結ばれる遺伝子群がベイジアン
ネットワークによって統計的因果関係のある遺伝子群として浮かび上がって
きます。また、多くの遺伝子と統計的因果関係を持つ遺伝子はハブ遺伝子と
言われ、研究対象である生命現象の鍵遺伝子であると推測されています。

遺伝子発現データは個人の細胞サンプルや遺伝子ノックダウン実験,薬剤投与
による時系列データなどを用いることが可能です。時系列データに対しては
動的(ダイナミック)ベイジアンネットワークを、ノックダウン実験などの
静的なデータに対しては通常のベイジアンネットワークを用いて遺伝子ネット
ワークを推定します。
http://sign.hgc.jp/signbn/index.html


【主催】
HPCI戦略プログラム 分野1 「予測する生命科学・医療および創薬基盤」

【共催】
HPCI戦略プログラム 分野1 「予測する生命科学・医療および創薬基盤」
  人材養成プログラム(国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門)
公益財団法人都市活力研究所
特定非営利活動法人バイオグリッドセンター関西

【後援】
国立研究開発法人理化学研究所 情報基盤センター
バイオスーパーコンピューティング研究会

【日時】
2015年7月13日(月) 13:30 ~ 17:00

【場所】
産業技術総合研究所・臨海副都心センター
別館8階 コラボレーションコーナー

アクセス https://unit.aist.go.jp/waterfront/access/index.html

【参加費】
無料

【定員】
10名

【参加申し込み】
以下のホームページからお申し込みください。
https://form.cbrc.jp/modules/regist/event.php?eid=89

【申し込み締め切り】
2015年6月26日(金)
ただし先着順でお申し込みを受け付けますので、定員になり次第
受付を終了いたします。

受講者には事務局から下記の書類を送付いたしますので、
公開鍵(テキストファイル)とともに Email にてご返送ください。
また、当日は実習のためのノートPC(無線LAN必須、最新のウイルス
チェッカーがインストールされていること)をご持参ください。
1. 利用アカウント申請書
2. 承諾書 (民間企業の方)
3. SSH公開鍵作り方 (pdfファイル)

(注) 申請にあたっては、下記URLにあるSCLS公募の「応募資格」
満たしていることが条件となります。
http://www.scls.riken.jp/supercomputer/public.html#mokuji4

【問い合わせ先】
国立研究開発法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム
scls-mado{at}riken.jp