「REIN-K」レプリカ交換分子動力学計算インターフェイス・ソフト および
「CafeMol」粗視化分子モデル計算ソフト講習会

   ―― 2015年バイオスーパーコンピューティング・ソフト講習会シリーズ ―――

次世代生命体統合シミュレーションソフトウェア研究開発プログラム(ISLiM)が
スーパーコンピュータ「京」向けに開発したバイオスーパーコンピューティン
グ・ソフトの中から、「REIN-K」と 「CafeMol」の講習会を下記のとおり開催い
たします。
昨年度の講習会以降の研究開発進捗状況をできるだけ反映した内容を予定してい
ます。ぜひご利用ください。
なお本講習会は東京と大阪の会場をPolycom TV会議システムで結び、講義形式で
同時開催します。実習はおこないませんが、ソフトウェアの導入・利用方法・解
析例等についても詳しくふれます。

● REIN-K: レプリカ交換分子動力学計算インターフェイス・ソフトウェア

タンパク質のまわりの環境を含めたタンパク質の構造予測や、構造変化予測、自
由エネルギー計算等を効率良く行なうためののプログラム。多次元レプリカ交換
分子動力学計算を行なう。「京」用にhybrid並列コンパイルしたNAMDを分子動力
学計算に用いるが、その他のプログラムにも対応予定。

●「CafeMol」粗視化分子モデル計算ソフト

粗視化された分子モデルによる古典分子動力学法により大規模生体分子の長時間
シミュレーションを行うソフトウェア。解析例として、キネシンの動態、多剤排
出トランスポーターの動態、DNAヒストン複合系(ヌクレオソーム)などがある。


- 主催: 理化学研究所 情報基盤センター

- 共催: HPCI戦略プログラム 戦略分野1、都市活力研究所

- 協賛: バイオグリッドセンター関西、バイオスーパーコンピューティング研究会、
 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター(CBRC)


詳細URL: http://www.csrp.riken.jp/2015/islim-seminar0901.html


                                         記

● 開催日時: 2015年9月1日(火) (13:30-17:00) 受付開始 12:45
● 会場:

東京会場: 国立研究開発法人 理化学研究所 東京連絡事務所 西会議室
  (東京都千代田区内幸町2-2-2 富国生命ビル23階 2311号室)
   TEL: 03-3580-1981

大阪会場: 公益財団法人都市活力研究所 (NPO法人バイオグリッドセンター関西)
会議室
   (大阪市北区大深町3-1グランフロント大阪 タワーC 7F)
   TEL:06-6359-1322

● 申し込み締切り: 2015年8月28日(金)
● 参加定員: 20名 (各会場毎)
● 参加申し込み: → http://www.csrp.riken.jp/2015/islim-seminar0901.html
からお申込ください。
● 参加費: 無料
● 講習会プログラム

開始: 13:30 (受付開始 12:45)

1. REIN-K 講習および質疑応答 (13:30-15:00)

  休憩 (15:00-15:15)

2. CafeMol講習および質疑応答 (15:15-16:45)

終了予定: 17:00

講師:

REIN-K 講師: 宮下尚之 (REIN-K開発者、近畿大学 生物理工学部 准教授、理研
客員研究員)

CafeMol 講師: 検崎博生 (CafeMol開発者、理研 情報基盤センター 技師・研究員)

● その他
 Polycom TV会議システムで東京・大阪両会場を結んでおこなう形式の講習会と
なります。講師の都合上、講義は東京会場から行なわれますが、質問等は東京・
大阪両会場から可能です。


問い合わせ先: ISLiM研究開発ソフト・アウトリーチ担当 (Email: islim-scls-contact{at}riken.jp)