● GIW 2001 レポート ●


■ GIW 2001 レポート

中井 謙太(東京大学)


のっけから卑近なたとえで恐縮であるが、日本バイオインフォマティクス学会員にとって、GIWは競馬好きにとっての有馬記念みたいなものかもしれない(私は競馬が特に好きなわけではないので、想像でしかないが)。年末のこの行事が毎年クリスマスの飾り付けの美しい恵比寿ガーデンプレイスで開催され、そこに行くと多くの懐かしい知人に出会い、これが終わると「ああ、今年も終わりだ」というような気持ちにさせられる。そのGIWも 2001年末で12回目を迎え、広く親しまれてきたGIWの略称は残したまま、正式名称は、より国際的に開かれた会議として、 International Conference on Genome Informaticsに変更された。いまやこの名称は決して大げさなものではない。12年という屈指の歴史を誇るばかりでなく、今回は10カ国から合計726名の参加者を数えた。何よりも、特にこちらから招待したわけではないのに、いわゆる業界の有名人が何人も外国から参加していた様子は、この会議の成熟ぶりを多くの参加者に印象づけたことと思われる。この会議をここまで育て上げてきた最大の功労者は、東大医科研の宮野教授とその研究室のメンバーであると思われるが、特に今回はプログラム委員会の議長を務めたLimsoon Wong (シンガポールKRDL)と松田秀雄(大阪大)の両氏の宣伝努力が大きかったと聞いている。

会議で発表された研究の内容などについては、すでに Jean-Philippe Vert氏(京大化研)との共著でレポートを書いたし(1)、採択論文は近日中にJSBiホームページから無料で公開される予定なので、詳しくはそちらを参照していただきたいが、これまた海外の有名研究室からの投稿が例年以上に多かったことは特筆に値する。なお、今年の招待講演はDavid Eisenberg(UCLA)とCharles Lawrence(Wadworth Center)の両先生であった。Eisenberg氏は遺伝子間のつながりから未知遺伝子の機能を推定するという観点から、最近話題のRosetta stone法や Phylogenetic profile法、タンパク質相互作用データベースなどを紹介された。カウボーイハット(?)がトレードマークのLawrence氏は、生物学の研究スタイルが従来のように、仮説を検証するように上手に実験を組むのではなく、組織的に得られた大量データの解析から新しい発見を行うデータ駆動型に変わりつつあることを指摘し、その具体例として、微生物ゲノムの遺伝子制御領域を比較することで推定した転写因子結合部位を実験で確認するという自分たちの研究を紹介した。さらに、Best paper awardには、Richard H.Lathrop氏らの「複数の待ち行列を用いた分枝限定法」の研究に送られたほか、別記事に紹介があるように、今回からベストポスターがOxford University Pressの名前を冠して表彰されることになった。ひょっとしたら自分が選ばれるかも、とどきどきした会員もいたかもしれないので、もう少し芥川賞などのように、選考委員が選考経過と理由を述べると良かったように思われた。

最後にGIW の順調な発展ぶりは、ご同慶の至りであるが、これに伴って、永年会場として親しまれてきた恵比寿ガーデンホールがそろそろ収容人員の限界に近づいてきたことは、関係者にとっては次回あたりのうれしい悩みになることだろう。果たして、次回もこの調子で参加者数が増え続けるのだろうか。筆者も次回は無関係とはいっていられないので、少々心配なことではある。

(1)Nakai,K.and Vert, J.-P., Genome informatics for data-driven biology: A report on the twelfth international conference on genome informatics, Tokyo, Japan, December 17-19, 2001, Genome Biology, in press
                                 
Dr.David Eisenberg
        
Dr.Charles Lawrence
        
講演のようす






■ Oxford University Press Bioinformatics Prize


Oxford University Pressの寄附により"Oxford University Press Bioinformatics Prize"が 日本バイオインフォマティクス学会に設けられることになりました。 この賞は日本バイオインフォマティクス学会年会(International Conference on Genome Informatics,GIW) において正会員及び学生会員によって発表されたポスター及びソフトウェアデモンストレーションの中から 1件が選定されるもので、賞状及び賞金3万円及び年会開催年の翌年のBioinformaticsの無料購読が授与されます。
Oxford University Pressからのこの寄附の提案が、GIW2001の開催直前であったため、表彰規定(案)に基づいて、 会長を選考委員長とし副会長,評議員及びGenome Informaticsの編集者からなる選考委員会が、会長により設置されました。 表彰規程については平成14年3月の評議員会で正式に承認される予定です。選考委員会では、委員の推薦に基づいて慎重に審議した結果、 GIW2001では、次のポスター発表に対して、第1回Oxford University Press Bioinformatics Prizeが授与されることになりました。

Katsuhisa Horimoto, Hiroyuki Toh
ASIAN: Automatic System for Inferring a Network from Gene Expression Profiles Genome Informatics 12:270-271 (2001)
http://www.jsbi.org/journal/GIW01/GIW01P014.pdf

ポスター前に立つ堀本勝久氏




■ GIW 2001 Report

Christian Blaschke

This was the second time that I participated in the GIW and the meeting was at the same high standards of organization and scientific presentations than the last year.

I appreciated very much the stronger participation of foreigners this year and we can now say that GIW grew from a national workshop of bioinformatics to a fully international conference on genome informatics and computational biology, congratulations.

I found the two keynote speaks very interesting especially the one from Charles Lawrence that was completely new to me. He explained in a very clear way how the new experimental techniques used in molecular biology and genomics changed or research paradigm and that data can in fact induce new hypothesis that can than be tested.

It was also interesting to see that the analysis of interaction networks in different aspects (evolution of interaction networks, relation between gene fusion events and expression pattern, calculation of metabolic fluxes, comparison of interaction maps derived with different methods,...) was reflected in a considerable part of the congress publications and the posters.

The acceptance rate dropped from about 60%last year to about 40%this year (if I remember the numbers correctly)what shows that it gets more difficult to publish at the GIW and the standards will be higher year by year. This is a very good indicator that GIW is on the right way to be one of the big conferences in this field (with ISMB and PSB)in Asia.


■ GIW 2002 のお知らせ

 GIW 2002 (The 13th International Conference on Genome Informatics)が次の要領で開催されます。

期                   間: 2002年12月16日(月)〜18日(水)
場                   所: The Garden Hall, Yebisu Garden Place, Tokyo, Japan
プログラム委員長 : Richard H.Lathrop (University of California, Irvine, PC Co-Chair)
  Kenta Nakai (University of Tokyo, Japan, PC Co-Chair)
ス     コ     ー    プ : GIW 2002 is an international conference on genome informatics:computational analyses of genetic information.
  Its scope includes all work that is ultimately devoted to the computational understanding of biological systems on a molecular basis.
ホ ー  ム  ペ ー ジ : http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2002/
連        絡        先 : GIW Secretary Office
  Email: giw@ims.u-tokyo.ac.jp
  Tel: 03-5449-5615
  Fax: 03-5449-5442
  Address: Laboratory for DNA Information Analysis, Human Genome Center,
               Institute of Medical Science, University of Tokyo
               4-6-1 Shirokanedai, Minato-ku, Tokyo 108-8639, Japan








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