一般公開セッション

〜プログラミングコンテスト〜

DNA配列解析チャレンジ

アルゴリズムの力で生命科学の最先端に挑む！

コンテストWebサイト： https://sites.google.com/view/genocon
コンテスト期間：8月中旬～9月中旬予定

結果発表＆入賞者講演：9月29日（水）16:30 - 18:00

DNA配列解析チャレンジ ~アルゴリズムの力で生命科学の最先端に挑む！~

座長：清水 佳奈

講演者：DNA配列解析チャレンジ成績優秀者

近年，生命科学で用いられる様々な計測装置の性能が劇的に向上しており，それら装置の出力データを分析する手法の開発が急務となっています．中でも，シークエンサーの性能向上は目覚ましく，日進月歩の技術に追いつく高度なアルゴリズムの開発が求められています．一方でここ数年の間に，アルゴリズムの設計力と実装力を競う競技プログラミングの競技人口が急増しており，海外ではバイオインフォマティクスを題材にしたコンテストもごく少数ながら開催されるようになってきました．研究では，解くべき問題の定式化と定式化された問題を解く二つの側面がありますが，ゲノム配列解析で解くべき問題は，適切な定式化がなされれば，競技プログラミングの問題として十分に成立します． 　このような背景のもと，本企画では配列解析を題材にしたコンテストを開催する運びとなりました．Oxford Nanopore Technologies社の協力のもと，実データを用いたコンテストとなることも特筆すべき点です．アルゴリズムを極めた競技者たちが，競技プログラミングの問題としてゲノム配列解析に取り組んだ結果，どのような革新的な方法が生み出されるのか，大変楽しみです．また，コンペティションを通じて，高度なアルゴリズムが生命科学の問題解決に役立つことが広く伝わり，この分野に興味を持ってもらえるきっかけとなることを期待したいです．本稿執筆時点では，900人にも及ぶ参加登録があり，ハイレベルな競争が繰り広げられています．生命科学とは無縁の競技者も数多く参加されているようです．セッション当日は，成績発表，及び成績優秀者による講演を実施します．分野外の人も多く参加する，例年とは一味異なるセッションとなることでしょう．ご期待ください．

「DNA配列解析チャレンジ」成績優秀者２名の招待講演が執り行われました．

• 松尾 充「ゲノコン2021 D問題解法」
• 小田 俊之「ゲノコン2021ー DNA配列解析チャレンジ　D問題解答案」

　分野外の専門家でありながら生命情報科学の普及に貢献された坂本一憲氏に感謝状が贈られました．