口頭発表・ハイライトトラック

📅 8/26 13:30-15:00 📍 第4会場（相模野I）

口頭発表・ハイライトトラック１（O1）

O1-1 ハイライトトラック医療・ヘルスインフォマティクス

マルチAIエージェント創薬プラットフォームOrchestRAによる創薬プロセスの民主化

OrchestRA: A Multi-AI Agent Platform for Democratizing Drug Discovery

鈴木崇英 ^1,2,3 、中西一貴 ^2,3 、藤原嵩士 ^2,3 、清水秀幸 ^2,3

1. 京都大学大学院薬学研究科シグナル薬理学分野 2. 東京科学大学総合研究院M&Dデータ科学センターAIシステム医科学分野 3. 東京科学大学大学院医歯学総合研究科

O1-2 ハイライトトラック構造バイオインフォマティクス

抗原配列情報に基づく治療用scFvおよびT cellエンゲージャーのde novo設計基盤構築

De novo design of therapeutic scFvs and multi-specific engagers from sequence alone

藤原嵩士 ¹ 、清水秀幸 ¹

1. 東京科学大学

O1-3 一般口頭発表合成生物学・生物工学

PLANTgen：抗原地図に基づく合成インフルエンザA/H3N2抗原設計のための生成AIモデル

PLANTgen: Generative AI Model For Designing of Synthetic Influenza A/H3N2 Antigens Using Antigenic Map

KANG MOONJONG ^1,2 、航季外尾 ³ 、宮本翔 ⁴ 、中野雅博 ⁴ 、 Lilley Alice ⁵ 、 Harvey Ruth ⁵ 、 Lewis Nicola ⁵ 、渡邉真治 ⁶ 、長谷川秀樹 ⁶ 、浜田道昭 ³ 、佐藤佳 ¹ 、鈴木忠樹 ⁴ 、伊東潤平 ²

1. 東京大学医科学研究所 2. 大阪大学微生物病研究所 3. 早稲田大学理工学術院 4. 国立感染症研究所感染病理部 5. フランシス・クリック研究所インフルエンザ研究センター 6. 国立感染症研究所インフルエンザ研究センター

📅 8/26 15:15-16:45 📍 第1会場（フェニックスI）

口頭発表・ハイライトトラック２（O2）

O2-1 一般口頭発表オーミクスデータ解析

LLMエージェントとワークフロー言語の統合によるscRNA-seqデータ多視点解析の自動化

Bridging LLM-based agents and workflow languages for automated multi-perspective analysis of scRNA-seq data

早川慶紀 ¹ 、尾崎遼 ¹

1. 理化学研究所

O2-2 一般口頭発表オーミクスデータ解析

scOrigin: 個体スケールのシングルセルアノテーションのための解釈可能な階層型分類器

scOrigin: An Interpretable Hierarchical Classifier for Organism-Scale Single-Cell Annotation

Simon Tremblay ¹ 、日出海渡邉 ¹

1. 北海道大学大学院情報科学研究院ゲノム情報科学研究室

O2-3 ハイライトトラック制御・機能ゲノミクス

階層型Transformerベースの深層学習モデルSpliceSelectNetによるスプライス部位予測

SpliceSelectNet: A Hierarchical Transformer-Based Deep Learning Model for Splice Site Prediction

宮地佑奈 ¹ 、中井謙太 ^1,2

1. 東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 2. 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

📅 8/26 15:15-16:45 📍 第2会場（フェニックスII）

口頭発表・ハイライトトラック３（O3）

O3-1 ハイライトトラック進化・系統・多様性解析

霊長類におけるレトロウイルスエンベロープ由来配列のダイナミックな進化

Dynamic evolution of retroviral envelope-derived sequences in primates

北尾晃一 ² 、クリュコフキリル ³ 、ジンレイカ ¹ 、新宅勇太 ⁴ 、早川卓志 ⁵ 、中川草 ¹

1. 東海大学 2. 理化学研究所 3. 国立遺伝学研究所 4. 日本モンキーセンター 5. 北海道大学

O3-2 一般口頭発表進化・系統・多様性解析

Gene Repetoire Evolution of Poxvirus

Gene Repertoire Evolution of Poxvirus

プリアンチャイスクアーノン ^1,2 、リトラススピロス ^2,3 、佐藤佳 ² 、伊東潤平 ^1,2

1. Laboratory of Virus Informatics, Department of Biological Informatics, Bioinformatics Center, Research Institute for Microbial Diseases, The University of Osaka, 3-1 Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, Japan 2. Division of Systems Virology, Department of Microbiology and Immunology, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo, 4-6-1 Shirokanedai, Minato, Tokyo 108-8639, Japan 3. Antigen Evolution and Design Laboratory, Department of Structural Biology and Chemistry, Pasteur Institute, 25-28 Rue du Docteur Roux, Paris, 75015, France

O3-3 ハイライトトラック変異解析・臨床ゲノミクス

日本人集団の大規模構造変異解析と疾患関連解析への応用

Population-scale mapping of structural variation in the Japanese population and its application to disease association analyses

河合洋介 ^1,3 、アシュリサイデ ³ 、大前陽輔 ^3,8 、宮原麗子 ^2,8 、コーセイクスーン ^3,4 、西田奈央 ³ 、杉山真也 ³ 、植野和子 ³ 、堀之内智子 ⁵ 、長野智那 ⁵ 、山村智彦 ⁵ 、野津寛大 ⁵ 、飯島一誠 ⁵ 、中村稔 ⁶ 、野入英世 ⁸ 、溝上雅史 ⁷ 、徳永勝士 ^3,8

1. 国立遺伝学研究所 2. 国立感染症研究所 3. 国立国際医療研究所 4. 南洋工科大学 5. 神戸大学大学院医学研究科 6. 長崎医療センター 7. 産業技術総合研究所 8. NCBN中央バイオバンク

📅 8/26 15:15-16:45 📍 第5会場（相模野II）

口頭発表・ハイライトトラック４（O4）

O4-1 ハイライトトラックオーミクスデータ解析

５億年以上にわたり保存されたシス調節コード

Conservation of cis-regulatory codes over half a billion years of evolution

小川洋平 ^1,2 、 Liu Yu ² 、 Myers Connie A. ² 、 Morshedian Ala ³ 、 Fain Gordon L. ³ 、 Sampath Alapakkam P. ³ 、 Corbo Joseph C. ²

1. 国立遺伝学研究所 2. ワシントン大学医学部 3. カリフォルニア大学ロサンゼルス校

O4-2 一般口頭発表制御・機能ゲノミクス

細胞種を横断したゲノムワイド遺伝子制御ネットワーク推定による疾患関連遺伝子プログラムの同定

Genome-wide gene regulatory network inference and disease-relevant gene program discovery across cell types and states

後藤隆之介 ¹ 、 Tibshirani Robert ¹ 、 Pritchard Jonathan ¹

1. Stanford University

O4-3 一般口頭発表オーミクスデータ解析

生物物理モデリングを活用した時系列1細胞RNA-seqデータからの細胞分裂レート推定

Inference of cell-division rate from time-series scRNA-seq data using biophysical modeling

大河内康之 ¹ 、澤崎義仁 ^1,2 、近藤洋平 ³ 、本田直樹 ^1,2,3

1. 名古屋大学医学系研究科 2. 広島大学統合生命科学研究科 3. 名古屋大学 One Medicine生命-創薬共創プラットフォーム

📅 8/27 13:30-15:00 📍 第2会場（フェニックスII）

口頭発表・ハイライトトラック５（O5）

O5-1 一般口頭発表オーミクスデータ解析

がん周囲の細胞・遺伝子分布の空間的均一性に基づくSpatialCompassV（SCOMV）によるがん領域分類

SpatialCompassV (SCOMV) classifies tumor regions based on the spatial uniformity of peritumoral cells and genes

野村亮輔 ^1,2 、酒井俊輔 ¹ 、影山俊一郎 ¹ 、土原一哉 ^1,3,4 、山下理宇 ^1,2,4

1. 国立がん研究センター　先端医療開発センター 2. 東京大学大学院　新領域創成科学研究科　メディカル情報生命専攻 3. 東京大学大学院　新領域創成科学研究科　先端生命科学専攻 4. 東京理科大学生命科学研究科生命科学専攻

O5-2 一般口頭発表環境・メタゲノミクス

腸内細菌シングルセルゲノムを用いたICI応答関連細菌株および株特異的遺伝子領域の探索

Strain-level characterization of gut bacteria associated with ICI response using single-amplified genomes

栗原恭子 ^1,2 、澤田憲太郎 ³ 、福岡聖大 ⁴ 、酒井俊輔 ¹ 、藤澤孝夫 ⁵ 、坂東英明 ⁵ 、中村能章 ⁵ 、影山俊一郎 ¹ 、土原一哉 ^1,2,6 、吉野孝之 ⁵ 、山下理宇 ^1,2,6

1. 国立がん研究センターEPOC 2. 東京大学 3. 北海道大学病院 4. がん研有明病院 5. 国立がん研究センター東病院 6. 東京理科大学

O5-3 ハイライトトラック変異解析・臨床ゲノミクス

遺伝子–環境交互作用の大規模解析基盤開発によるヒト疾患形質の動的遺伝構造の解明

A cross-population compendium of gene–environment interactions enabled by a biobank-scale analytical framework

難波真一 ^1,2,3 、曽根原究人 ^1,2,3 、小栁友理子 ⁴ 、菊池武造 ⁵ 、小嶋崇史 ^1,2,3,6 、枝廣龍哉 ^2,3,7 、佐藤豪 ^1,2,3,8 、山地太樹 ⁹ 、友藤嘉彦 ^1,2,3 、上田洋行 ^2,10 、山本賢一 ^2,11,12,13 、小川陽介 ^1,12 、鈴木顕 ^2,14 、金井昭教 ¹⁵ 、東上震一 ¹⁶ 、小林修三 ¹⁶ 、山口博樹 ¹⁷ 、永田安伸 ¹⁷ 、岡﨑康司 ¹⁸ 、松本直之 ¹⁸ 、本村健太 ¹⁹ 、古賀秀信 ¹⁹ 、菱田朝陽 ²⁰ 、池崎裕昭 ²¹ 、原めぐみ ²² 、永吉真子 ²³ 、尾瀬功 ²⁴ 、中野詩織 ⁹ 、バイオバンクジャパン ³³ 、小田吉哉 ²⁵ 、鈴木穣 ¹⁵ 、岩崎基 ^9,26 、澤田典絵 ²⁶ 、松尾恵太郎 ^4,27 、森崎隆幸 ^28,29 、山内敏正 ¹⁴ 、門脇孝 ³⁰ 、松田浩一 ^31,33 、岡田随象 ^1,2,3,13,32

1. 東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学 2. 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学 3. 理化学研究所IMSシステム遺伝学チーム 4. 愛知県がんセンター研究所がん予防研究分野 5. 東京大学医学部 6. 東北大学大学院医学系研究科 7. 大阪大学大学院医学系研究科呼吸器・免疫内科学 8. 大阪大学大学院医学系研究科消化器外科学 9. 国立がん研究センターがん対策研究所疫学研究部 10. 大阪大学大学院医学系研究科内分泌・代謝内科学 11. 大阪大学大学院医学系研究科保健学専攻生命育成看護科学講座 12. 大阪大学大学院医学系研究科小児科学 13. 大阪大学免疫学フロンティア研究センター免疫統計学 14. 東京大学大学院医学系研究科糖尿病・代謝内科 15. 東京大学大学院新領域創生科学研究科生命データサイエンスセンター 16. 徳洲会グループ 17. 日本医科大学血液内科 18. 順天堂大学大学院医学研究科難治性疾患診断・治療学 19. 飯塚病院 20. 愛知医科大学医学研究科公衆衛生学講座 21. 九州大学病院総合診療科 22. 佐賀大学医学部社会医学講座予防医学分野 23. 名古屋大学大学院医学系研究科予防医学 24. 愛知県がんセンター研究所がん情報・対策研究分野 25. 東京大学大学院医学系研究科リピドミクス社会連携講座 26. 国立がん研究センターがん対策研究所コホート研究部 27. 名古屋大学大学院医学系研究科がん分析疫学 28. 東京大学医科学研究所人癌病因遺伝子分野 29. 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻クリニカルシークエンス分野 30. 虎ノ門病院 31. 東京大学医科学研究所シークエンス技術開発分野 32. 大阪大学ヒューマン・メタバース疾患研究拠点 33. 東京大学医科学研究所

📅 8/27 13:30-15:00 📍 第4会場（相模野I）

口頭発表・ハイライトトラック６（O6）

O6-1 ハイライトトラック合成生物学・生物工学

オルソログ情報と生成モデルを活用した異種間遺伝子設計

Cross-species gene redesign leveraging ortholog information and generative modeling

秋山真那斗 ¹ 、田代元彦 ² 、黄穎 ² 、上原美夏 ¹ 、神崎泰輝 ³ 、板谷光泰 ³ 、片岡正和 ³ 、宮本憲二 ² 、榊原康文 ^2,3

1. 北里大学 2. 慶應義塾大学 3. 信州大学

O6-2 一般口頭発表配列アルゴリズム

深層学習を用いたリボスイッチの予測

Predicting riboswitches using deep learning

森平健太郎 ¹ 、比企佑介 ¹ 、福永津嵩 ¹

1. 慶應義塾大学大学院理工学研究科

O6-3 一般口頭発表配列アルゴリズム

DT-Patricia: パトリシア木の対角遷移アルゴリズムの統合による高速・厳密な大規模大域類似検索

DT-Patricia: Fast and Exact Global Similarity Search over Large-Scale Sequence Sets Using the Diagonal Transition Algorithm on a Patricia Tree

川口凪咲 ¹

1. 東京大学大学院新領域創成科学研究科

📅 8/27 13:30-15:00 📍 第5会場（相模野II）

口頭発表・ハイライトトラック７（O7）

O7-1 一般口頭発表オーミクスデータ解析

SPATNIC：シングルセル・空間トランスクリプトームにおけるがん細胞分類と希少がん細胞集団の同定

SPATNIC classifies cancer cells in multi-modal single-cell transcriptomics and uncovers a previously overlooked cell

酒井俊輔 ¹ 、野村亮輔 ^1,3 、大平正貴 ^1,2 、栗原恭子 ^1,2 、森永友紀子 ⁴ 、加藤健 ⁴ 、小嶋基寛 ⁴ 、坂下信悟 ⁵ 、鈴木絢子 ³ 、鈴木穣 ³ 、土原一哉 ^1,2 、影山俊一郎 ¹ 、山下理宇 ^1,3

1. 国立がん研究センター先端医療開発センタートランスレーショナルインフォマティクス分野 2. 東京大学大学院新領域創成科学研究科先端生命科学専攻 3. 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻 4. 京都府立医科大学附属病院臨床病理学 5. 国立がん研究センター先端医療開発センター臨床腫瘍病理分野

O7-2 一般口頭発表オーミクスデータ解析

RIGEL：複数切片の空間トランスクリプトームデータにおける経路一貫な対応同期

RIGEL: path-consistent synchronization for multi-section spatial transcriptomics

能瀬由翔 ¹ 、井内仁志 ² 、浜田道昭 ² 、朝日透 ³

1. 早稲田大学先進理工学研究科生命医科学専攻 2. 早稲田大学理工学術院 3. 早稲田大学総合研究機構

O7-3 一般口頭発表オーミクスデータ解析

硬組織の細胞セグメンテーション：wetとdry研究者の共創による空間１細胞トランスクリプトーム

Hard Tissue, Hard Segmentation: Wet-Dry Co-Creation in Bone Spatial Single Cell Transcriptomics

岡田寛之 ^1,2,3 、矢野文子 ⁴ 、寺島明日香 ⁵ 、瀬尾茂人 ⁶ 、菊田順一 ⁷ 、バロンローランド ³ 、鄭雄一 ^1,8 、田中栄 ² 、北條宏徳 ⁹

1. 東京大学大学院医学系研究科疾患生命工学センター臨床医工学 2. 東京大学整形外科 3. ハーバード大学歯学部 4. 昭和医科大学　統括研究推進センター 5. 東京大学附属病院骨軟骨再生医療講座 6. 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻ゲノム情報工学講座 7. 神戸大学大学院医学研究科微生物感染症講座免疫学分野 8. 東京大学大学院工学系研究科バイオエンジニアリング専攻 9. 大阪大学大学院歯学系研究科バイオインフォマティクスユニット

O7-4 ハイライトトラックデータベース・オントロジー

DeepSpaceDB 2.0: an interactive spatial transcriptomics database for large-scale Xenium data exploration

Vladyslav Honcharuk ¹ 、 Keiko Takemoto ¹ 、 Diego Diez ² 、 Shinpei Kawaoka ^1,3 、 Alexis Vandenbon ¹

1. 京都大学 2. 大阪大学 3. 東北大学

📅 8/27 15:15-16:45 📍 第2会場（フェニックスII）

口頭発表・ハイライトトラック８（O8）

O8-1 ハイライトトラックシステム生物学・ネットワーク解析

SYNERGIE: マルチオミクスネットワーク統合と可制御性解析の融合による難治性疾患の薬剤シナジー探索基盤

SYNERGIE: integrating multiomics networks and controllability analysis for drug synergy prediction in intractable diseases

難波里子 ¹ 、合田光寛 ³ 、國木悠理香 ⁶ 、石澤啓介 ⁴ 、飯田緑 ² 、竹下潤一 ⁵ 、 Yoshihiro Yamanishi ¹

1. 名古屋大学 2. 九州工業大学 3. 広島大学 4. 徳島大学 5. 産業技術総合研究所 6. 徳島大学病院

O8-2 ハイライトトラックシステム生物学・ネットワーク解析

遺伝子ランキングによる時間制約下でのゲノムスケール制約ベース代謝ネットワーク設計の効率化

A Gene Ranking Framework Enhances the Design Efficiency of Genome-Scale Constraint-Based Metabolic Networks under Time Limits

MA YIER ¹ 、田村武幸 ¹

1. 京都大学

O8-3 一般口頭発表オーミクスデータ解析

酵母インタラクトームのハイスループットマッピングにより明らかとなったタンパク質相互作用QTLのトランス制御の優位性

The Trans-Regulatory Dominance of Protein-Interaction QTLs Uncovered by High-Throughput Mapping of the Yeast Interactome

坂口達也 ¹ 、 Besse Savandara ² 、 Serohijos Adrian ³

1. 長崎大学大学院医歯薬学総合研究科（薬学系）機能性分子化学分野 2. パリ・シテ大学機能適応生物学ユニット 3. モントリール大学生物化学部門

📅 8/27 15:15-16:45 📍 第5会場（相模野II）

口頭発表・ハイライトトラック９（O9）

O9-1 ハイライトトラックその他

Decoding topology enzyme–substrate reveals interaction underlying catalytic efficiency and mutational outcomes

田村武幸 ¹ 、ﾁｮｳｳｪｲﾚﾝ ¹

1. Kyoto University

O9-2 一般口頭発表構造バイオインフォマティクス

異質倍数体ワタにおけるサブゲノム間タンパク質複合体ホメオマーの網羅的予測

Homoeo-mers: genome-wide prediction of inter-subgenomic protein complexes shaping alloploid

江副晃洋 ¹ 、持田恵一 ¹

1. 理化学研究所　環境資源科学研究センター

O9-3 一般口頭発表構造バイオインフォマティクス

構造ベースリガンド生成のためのタンパク質-リガンド複合体立体構造のトークナイズ

Discrete Tokenization of Protein–Ligand Complex 3D Structures for Structure-Based Drug Design

坂野晃 ¹ 、古井海里 ¹ 、大上雅史 ¹

1. 東京科学大学情報理工学院情報工学系

一般口頭発表・ハイライトトラック

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