日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IBMP2020)

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開催日時 セッションタイトル
9/1(火)13:00〜14:30 AMEDゲノム研究プラットフォーム利活用システム
バイオバンクの⼤規模なゲノム情報利⽤
9/1(火)14:45〜16:15 Varinos株式会社
ゲノム解析技術を臨床検査へ ~細菌叢解析と着床前ゲノム解析の実用化~
9/2(水)13:00〜 株式会社ナベインターナショナル
大規模データを社会実装へ導くApache Spark
9/2(水)14:45〜16:15 アマゾンウェブサービスジャパン株式会社
ヘルスケアの可能性を切り開くクラウド
開催日時 セッションタイトル(アカデミック)
9/2(水)9:15〜10:45 データサイエンティスト養成セッション:初級者向けバイオインフォマティクス
座長:小笠原理(国立遺伝学研究所)
9/2(水)13:00〜14:30 データサイエンティスト養成セッション:実践的次世代シークエンス解析
座長:中村保一(国立遺伝学研究所)
9/2(水)14:45〜16:15 データサイエンティスト養成セッション:実践的オミックス解析
座長:有田正規(国立遺伝学研究所)

オーガナイザー 有田 正規(国立遺伝学研究所)

本セッションは全国の学生から研究者まで幅広い層を対象に,最新のバイオインフォマティクス技術を紹介します。国立遺伝学研究所のスタッフを中心に,公共リポジトリやスパコンの使い方から,次世代シーケンスの解析方法,オミックス情報の解析方法まで,最新のソフトウェアを紹介しながら丁寧に解説します。

本セッションは無料公開です。こちらから参加登録をしてください。 終了しました。

スポンサードセッション詳細

  • AMEDゲノム研究プラットフォーム利活用システム:バイオバンクの⼤規模なゲノム情報利⽤

    国内外でゲノム医療の研究開発が進むなか、各国でバイオバンクが形成され、ゲノム・オミックス情報、臨床情報、健康情報が蓄積され、研究開発に供されるようになっている。わが国においても、バイオバンク・ジャパン、東北メディカル・メガバンク計画、NCBN、そして診療機関併設型バイオバンクが存在し、⾼品質な試料・情報を提供している。ゲノム研究プラットフォーム利活⽤システムでは、⽇本の主要なバイオバンクのネットワークを形成し、バイオバンク横断検索システムを開始し、それらの試料・情報の利活⽤促進に取り組んでいる。本セッションでは、バイオバンクのゲノム・オミックス情報、臨床情報、健康情報を利⽤した研究をいかに⾏うかについてご紹介したい。

    • ⻑神 ⾵⼆(東北⼤学東北メディカル・メガバンク機構)
      「はじめに」
    • 荻島 創⼀(東北⼤学未来型医療創成センター/東北メディカル・メガバンク機構)
      「バイオバンクを利⽤したゲノム医療研究開発 ーバイオバンク・ネットワークのゲノム情報、臨床情報の利活⽤ー」
    • 松⽥ 浩⼀(東京⼤学⼤学院新領域創成科学研究科)
      「バイオバンク・ジャパンのゲノム情報、臨床情報の利⽤」
    • 信國 宇洋(東北⼤学東北メディカル・メガバンク機構)
      「東北メディカル・メガバンク計画のゲノム・オミックス情報、健康情報の利⽤」
    • 冨⽥ 努(国⽴循環器病研究センター)
      「ナショナルセンター・バイオバンクネットワークの試料、臨床情報の利⽤」
    • 永家 聖(東北⼤学東北メディカル・メガバンク機構)
      「バイオバンク横断検索システムによる解析情報の検索とアクセス」
  • Varinos株式会社:ゲノム解析技術を臨床検査へ ~細菌叢解析と着床前ゲノム解析の実用化~

    • 長井 陽子(Varinos株式会社)
      「ゲノム解析技術を通じて家族の未来をつくる Varinos株式会社の紹介」

      近年、晩婚化などによって不妊に悩むカップルは増加傾向にあり、2016年の体外受精治療件数は過去最多の44万件に到達し、日本は不妊大国と呼ばれている。高度生殖医療を受けたとしても、35?40歳の妊娠率は10?30%と低く、不妊は社会的課題である。弊社は、次世代シークエンサーを用いて子宮内の細菌叢を調べる「子宮内フローラ検査」、および、胚の染色体異数性を調べる「着床前ゲノム検査」の開発・実用化を行っている。良い子宮内環境に良い受精胚を戻すこと、そのシンプルなメソッドを最先端のゲノム解析技術を用いて臨床検査として実用化し、ゲノム生殖医療という新たな時代の発展と世界的普及を目指す。

    • 荒井 渉(Varinos株式会社)
      「子宮内細菌叢が及ぼす不妊への影響」

      子宮内細菌叢はLactobaillus属を中心とした比較的限定された微生物種によって構成されており、Lactobaillusが支配的な環境では妊娠成功率が向上することが知られている。また、これまで弊社が子宮内フローラ検査として行ってきた8,000検体を超える解析結果から、これら微生物種のバランスは個人差が極めて大きいことがわかってきた。本発表ではこれまでの知見とともに、今後の課題についても紹介する。

    • 田中 克(Varinos株式会社)
      「不妊治療の起爆剤となり得る着床前ゲノム検査の紹介」

      近年、不妊治療分野においてもゲノム医療が進出し、特に出生前診断や着床前診断が脚光を浴びている。着床前診断では、体外受精させた胚の染色体異常を検出し、着床妊娠に至ると推定される胚を移植する。着床前診断の際に行う着床前ゲノム検査により、着床妊娠率が20~30%から50~60%にまで改善する、という報告もある。本講演では着床前ゲノム検査、及び弊社独自開発の倍数性解析、さらに上記検査の生物情報・統計学的課題について紹介する。

  • 株式会社ナベインターナショナル:大規模データを社会実装へ導くApache Spark

    • 内田 智博(株式会社ナベ インターナショナル)

      バイオバンク規模の遺伝情報等バイオメディカルデータを解析するに際しては、従来のhigh performance computingをベースとした計算機とは異なるプラットフォームが必要となる。本セッションでは、従来のPCクラスターシステムが抱える課題およびそれを解決可能な分散処理基盤Apache Sparkを紹介し、その応用例として、バイオバンク統合データからの目的別解析データ切り出し、およびApache Spark上で動作するゲノムデータ解析ライブラリHailを用いたテラバイト超サイズvcfファイルやplink形式データの読み込みを実演する。さらに、仮想コンテナ活用に向けたKubernetes上Apache Sparkによる次世代解析基盤の可能性についても概観する。

  • アマゾンウェブサービスジャパン株式会社:ヘルスケアの可能性を切り開くクラウド

    • 遠山 仁啓(アマゾン ウェブ サービス ジャパン株式会社)

      ヘルスケア領域においてクラウドの活用が急速に進んでいる。セキュリティやコンプライアンスが懸念であるからこそクラウドを活用すべきだという理解が進んだことと、運用負担少なく新しい技術をすぐに採用出来ることからスタートアップやゲノム、創薬などの領域で成果が出ている。
      国内外の事例を交えながらAWSのヘルスケア領域における取組みを紹介する。

  • データサイエンティスト養成セッション:初級者向けバイオインフォマティクス

    • 飯塚 朋代(国立遺伝学研究所)
      「DDBJと公共リポジトリ」
    • 津村 学(株式会社ノーム)
      「Mac/Windows/遺伝研スパコン上でのデータ解析 (1)」
    • 奧田 喜弘(国立遺伝学研究所)
      「Mac/Windows/遺伝研スパコン上でのデータ解析 (2)」
  • データサイエンティスト養成セッション:実践的次世代シークエンス解析

    • 谷澤 靖洋(国立遺伝学研究所)
      「微生物ゲノム解析」
    • 坂本 美佳(国立遺伝学研究所)
      「真核生物ゲノム解析」
    • 川島 武士(国立遺伝学研究所)
      「比較ゲノム解析」
  • データサイエンティスト養成セッション:実践的オミックス解析

    • 櫻井 望(国立遺伝学研究所)
      「メタボロミクス解析」
    • 森 宙史(国立遺伝学研究所)
      「メタゲノム解析」
    • 秦 千比呂(国立遺伝学研究所)
      「ヒトゲノム疾患解析」